#生醫碎碎念 #訊息傳遞路徑 #MAPK_pathway #
【MAPK 信息通路的 3D 動畫】
　
我們身體裡的細胞除了維持內在環境的平衡，也和外界刺激有頻繁的互動；這些互動常常是由荷爾蒙、細胞外基質、或是神經傳導物質與細胞上的受體結合，產生一整串複雜的生化反應，最後改變細胞的行為——「細胞信息傳遞」是生理和藥理的基礎，大家或多或少都在課本上讀過，但是將一整條信息通路畫成精彩又真實的 3D 動畫，你看過嗎？
　
MAPK (mitogen-activated protein kinase)，中文譯名為「絲裂原活化蛋白激酶」，掌管細胞裡多種基本生物程序，對於細胞增生、分化、移動、存活或凋亡特別重要，因此從事癌症研究的朋友都會對這一類的信息通路特別熟！
　
這個動畫中描繪的表皮生長因子（EGF, epidermal growth factor）通路，是最典型的受體酪胺酸激酶（receptor tyrosine kinase）和 MAPK 通路之一：
　
小型蛋白 EGF 是刺激細胞存活和生長的因子，它在細胞外液遊蕩，找到了並結合自己最喜歡的受體：表皮生長因子受體（EGFR）。這個受體有一隻滑稽的腳腳，原來是受體酪胺酸激酶這個家族的特徵，有激酶的功能；它被 EGF 刺激到之後，與另外一個受體酪胺酸激酶 HER2 形成二聚體，兩個受體比雙胞胎更有默契、感情更好，兩隻腳腳晃來晃去之間，運用自己的激酶功能幫對方貼上磷酸標籤，這時 MAPK 通路的分子派對才剛剛開始！
　
這些閃亮亮的磷酸吸引了一群蛋白質好友來排隊：首先報到的 GRB2 把來自細胞外的信息傳給細胞內的可溶性蛋白們，例如 SOS。SOS 很花心，輪流和很多個小 GTP 酶蛋白 Ras 跳舞，讓信號被放大、擴散，跳著舞的 Ras 精神振奮，將 GDP 換成高能量的 GTP，一路沿著細胞膜離原來的受體越跳越遠。
　
Raf 看到了跳舞的 Ras 也很想加入，但是它的身邊有兩個 14-3-3 像嚴格的父母一樣死死地盯著、壓著自己（14-3-3 是我見過名字最奇怪的蛋白質之一，居然是它在色譜層析的溶析部份和在凝膠電泳裡移動的位置，會不會取得太隨便了點？）。
　
好不容易甩掉 14-3-3 的 Raf，終於可以一展身手，改變自己的形狀與 Ras 結合，很多對 Ras-Raf 聚在舞池當中放閃，吸引其他蛋白質的注意；但是只甩掉 14-3-3 還有與 Ras 結合是不足以激活 Raf 的，因此 Raf 的好朋友 SRC 遞給它一個磷酸，這個磷酸化比能量飲料還有效，興奮的 Raf 將信息傳給了更多細胞內的蛋白質，例如 MEK 和 ERK（這些蛋白質之間的互動都有各種熱心的支架蛋白【scaffold proteins】幫忙拉進彼此距離、增加效率）。
　
不同於以上的其他蛋白，ERK 有一個重要的使命，被激活的 ERK 獨自踏上了細胞核之旅，路過細胞骨架、穿越形狀詭異的核孔門關，直到把信息傳給住在細胞核內的 MYC 才算完成了它的任務。MYC 是一個很厲害的轉錄因子（transcription factor），負責轉錄多達 15% 的基因！原來 ERK 傳遞給 MYC 的是一面免死金牌，使它免於被蛋白酶體（proteasomes）像碎紙機一樣快速分解消化掉。
　
MYC 與好基友 MAX 形成雙聚體，成剪刀形坐在特定的 DNA 序列上，它們的工作是召喚組蛋白乙醯化酶（histone acetyltransferase），在組蛋白上加上乙醯；因為 DNA 本身就帶有負電荷，也帶負電的乙醯使 DNA 與組蛋白分離，讓細胞核內的轉錄分子機器可以接近 DNA、開始表現這些基因。MYC-MAX 還有另外一招可以影響 DNA 的表現：和構造相似的 MAD-MAX 雙聚體結合，形成雙雙聚體，交叉聯結兩段 DNA。
　
透過這些非常複雜的細胞信息傳遞通路，小小的細胞外蛋白質 EGF 就足以啟動一整個系統的分子機器，把細胞搞得很忙，改變了整個細胞的基因表現模式，進而調節細胞的生長和行為。這條信息通路出問題可能會導致細胞異常增生，也就是癌症，難怪有史以來 MAPK 通路一直是癌症治療和藥物研發的研究重點！
　
現在可以觀賞這麼精美的動畫學生物學真是幸福，比死背課本上描述細胞信息傳遞的枯燥文字例如 Gs -> adenylyl cyclase -> cAMP -> PKA -> CREB 生動有趣多了，也更容易記住，真希望以前修生化和藥理學時，所有主要的信息通道都有這樣的動畫！
　
在修神經生理和藥理學時，我初嚐細胞信息傳遞的複雜，複雜到一位神經生理學教授說簡直是「惡夢的網路（web of nightmare）」，我問藥理學教授 Dr. Dana Selley：「細胞隨時都接收到一大堆不同的信號分子，細胞內的信息傳遞系統又那麼複雜，細胞怎麼不會搞糊塗了呢？」
　
Dr. Dana Selley 笑著回答：「會呀，那就叫病理現象（pathology）！」
【MAPK 信息通路的 3D 動畫】
我們身體裡的細胞除了維持內在環境的平衡，也和外界刺激有頻繁的互動；這些互動常常是由荷爾蒙、細胞外基質、或是神經傳導物質與細胞上的受體結合，產生一整串複雜的生化反應，最後改變細胞的行為——「細胞信息傳遞」是生理和藥理的基礎，大家或多或少都在課本上讀過，但是將一整條信息通路畫成精彩又真實的 3D 動畫，你看過嗎？
MAPK (mitogen-activated protein kinase)，中文譯名為「絲裂原活化蛋白激酶」，掌管細胞裡多種基本生物程序，對於細胞增生、分化、移動、存活或凋亡特別重要，因此從事癌症研究的朋友都會對這一類的信息通路特別熟！
這個動畫中描繪的表皮生長因子（EGF, epidermal growth factor）通路，是最典型的受體酪胺酸激酶（receptor tyrosine kinase）和 MAPK 通路之一：
小型蛋白 EGF 是刺激細胞存活和生長的因子，它在細胞外液遊蕩，找到了並結合自己最喜歡的受體：表皮生長因子受體（EGFR）。這個受體有一隻滑稽的腳腳，原來是受體酪胺酸激酶這個家族的特徵，有激酶的功能；它被 EGF 刺激到之後，與另外一個受體酪胺酸激酶 HER2 形成二聚體，兩個受體比雙胞胎更有默契、感情更好，兩隻腳腳晃來晃去之間，運用自己的激酶功能幫對方貼上磷酸標籤，這時 MAPK 通路的分子派對才剛剛開始！
這些閃亮亮的磷酸吸引了一群蛋白質好友來排隊：首先報到的 GRB2 把來自細胞外的信息傳給細胞內的可溶性蛋白們，例如 SOS。SOS 很花心，輪流和很多個小 GTP 酶蛋白 Ras 跳舞，讓信號被放大、擴散，跳著舞的 Ras 精神振奮，將 GDP 換成高能量的 GTP，一路沿著細胞膜離原來的受體越跳越遠。
Raf 看到了跳舞的 Ras 也很想加入，但是它的身邊有兩個 14-3-3 像嚴格的父母一樣死死地盯著、壓著自己（14-3-3 是我見過名字最奇怪的蛋白質之一，居然是它在色譜層析的溶析部份和在凝膠電泳裡移動的位置，會不會取得太隨便了點？）。
好不容易甩掉 14-3-3 的 Raf，終於可以一展身手，改變自己的形狀與 Ras 結合，很多對 Ras-Raf 聚在舞池當中放閃，吸引其他蛋白質的注意；但是只甩掉 14-3-3 還有與 Ras 結合是不足以激活 Raf 的，因此 Raf 的好朋友 SRC 遞給它一個磷酸，這個磷酸化比能量飲料還有效，興奮的 Raf 將信息傳給了更多細胞內的蛋白質，例如 MEK 和 ERK（這些蛋白質之間的互動都有各種熱心的支架蛋白【scaffold proteins】幫忙拉進彼此距離、增加效率）。
不同於以上的其他蛋白，ERK 有一個重要的使命，被激活的 ERK 獨自踏上了細胞核之旅，路過細胞骨架、穿越形狀詭異的核孔門關，直到把信息傳給住在細胞核內的 MYC 才算完成了它的任務。MYC 是一個很厲害的轉錄因子（transcription factor），負責轉錄多達 15% 的基因！原來 ERK 傳遞給 MYC 的是一面免死金牌，使它免於被蛋白酶體（proteasomes）像碎紙機一樣快速分解消化掉。　MYC 與好基友 MAX 形成雙聚體，成剪刀形坐在特定的 DNA 序列上，它們的工作是召喚組蛋白乙醯化酶（histone acetyltransferase），在組蛋白上加上乙醯；因為 DNA 本身就帶有負電荷，也帶負電的乙醯使 DNA 與組蛋白分離，讓細胞核內的轉錄分子機器可以接近 DNA、開始表現這些基因。MYC-MAX 還有另外一招可以影響 DNA 的表現：和構造相似的 MAD-MAX 雙聚體結合，形成雙雙聚體，交叉聯結兩段 DNA。
透過這些非常複雜的細胞信息傳遞通路，小小的細胞外蛋白質 EGF 就足以啟動一整個系統的分子機器，把細胞搞得很忙，改變了整個細胞的基因表現模式，進而調節細胞的生長和行為。這條信息通路出問題可能會導致細胞異常增生，也就是癌症，難怪有史以來 MAPK 通路一直是癌症治療和藥物研發的研究重點！
現在可以觀賞這麼精美的動畫學生物學真是幸福，比死背課本上描述細胞信息傳遞的枯燥文字例如 Gs -> adenylyl cyclase -> cAMP -> PKA -> CREB 生動有趣多了，也更容易記住，真希望以前修生化和藥理學時，所有主要的信息通道都有這樣的動畫！
在修神經生理和藥理學時，我初嚐細胞信息傳遞的複雜，複雜到一位神經生理學教授說簡直是「惡夢的網路（web of nightmare）」，我問藥理學教授 Dr. Dana Selley：「細胞隨時都接收到一大堆不同的信號分子，細胞內的信息傳遞系統又那麼複雜，細胞怎麼不會搞糊塗了呢？」
Dr. Dana Selley 笑著回答：「會呀，那就叫病理現象（pathology）！」

《歡迎使用臉書直接分享此文章，但如果想轉貼或刊登其他網站、報紙、書籍、媒體等，需經過作者陳昱慈（Rita Chen）本人同意，切勿侵害著作權。》
The Molecular Interactions of the MAPK Pathway

是否可以透過中文來學習英文: 免費語言學習軟體Duolingo

多鄰國（Duolingo）是一個線上語言學習平台，它不只提供語言學習，同時也是線上語言能力測驗平台。多鄰國所提供的所有語言課程均為免費! 學習者可以透過透過它的系統應用母語(L1)來學第二語言(L2) 。學習的方式是透過翻譯應用學習者的母語來學習單字、基本句型和基礎生活片語，同時有聽力、閱讀、和寫作的練習。

在教育界中存在許多聲浪主張語言學習應該只用目標語 (target language) 無需依靠學生的第一語言，但近代多數研究都顯示用第一語言補助目標語的學習利大於弊。近年來，雙語教育界也開始採取彈性式雙語觀稱為「跨語言實踐」(translanguaging)*，將第一語言融入第二語言教學，主張母語是學習任何語言的資源，而並非是學習第二語言的負擔。 個人認為大多數學術的論點沒有絕對，畢竟每位同學的母語、需求、語言能力、學習環境迥然不同，每位老師也面臨到各種的限制例如時間、教學指標、課綱、和有限的資源。建議老師熟練各種教學理論、方法和技巧才能不停地調整課程和提供有效的反饋來輔助不同的學習者達成多樣的目標。

而上方的敘述跟Duolingo的關聯就是此軟體不只可以輔助學生學英文或外語也可輔助外語老師理解學生的母語! 畢竟每一位外語老師都應該對學生的母語和文化背景有基礎的理解才能更有效率地應用學生的母語和「知識基金」(funds of knowledge)* 來學習目標語!

然而，在測試Duolingo的英文學習的過程，老師發覺到不少的小瑕疵，例如時態和詞性的中英翻譯不精準(請參考系統測試圖片)，因此把Duolingo當作一種累積基礎單字和基礎語法概念的練習而言，是很好的學習資源，對初學者的基本人際交談能力(BICS)會有一定程度的幫助。但是假如目標為進階學習者的學術英文認知和學術的語言能力(CALP) ，應該有更有效率的學習網站和軟體，下次再幫同學推薦!

Duolingo system test Images (系統測試圖片):
https://wp.me/p44l9b-1En

★★★★★★★★★★★★

In short, language teachers ought to equip themselves with sufficient knowledge of the home languages and backgrounds of learners in order to effectively tap into their funds of knowledge and scaffold their L2 instruction.

As for Duolingo, it is a free digital tool that can aid both teachers and students in taking that first step toward learning a new language, and may also help teachers better understand their students' home languages and needs.

★★★★★★★★★★★★

Videos on using L1 in class:

1. When should L1 be used in class?
https://youtu.be/TXaZgj7tWbg

2. Using the native language as a resource: https://youtu.be/joHM964tTVs

★★★★★★★★★★★★

Translanguaging: http://education.oxfordre.com/view/10.1093/acrefore/9780190264093.001.0001/acrefore-9780190264093-e-181

Funds of knowledge: https://www.igi-global.com/dictionary/funds-of-knowledge/49427

L1 in L2 learning research in the past decade:
https://goo.gl/HAR1sP

Opinions on whether to use L1 (translation) in L2 instruction:
https://goo.gl/vAYrrA

BICS & CALP:
http://www.everythingesl.net/inservices/bics_calp.php

[托福和雅思單字表+mp3] Architecture 建築學

Audio file: https://www.dropbox.com/s/hloi56qzsq9q9ed/Architecture.mp3 (Updated!)

老師雖然每次在提供單字表時都會附上中文解釋，但這只是方便學生更快知道這個單字最通用的意思，不代表是它最完整的涵義及用法。除此之外，有心的同學應該進一步使用其它工具查詢，最好是單字，配詞與句子一起背 (死背一個單字是無用的)，再透過經常使用單字的方式，加強自己對單字的認知和應用。當然，你也可以利用老師或字典提供的單字音檔，進而增加自己對單字的辨識能力和發音!

Use the audio file to improve your pronunciation of these words. The file can also be used as a simple listening and spelling test!

acoustics (n.) 音響效果 ; 音質
amphitheater (n.) 圓形露天劇場
angular (adj.) 有角的; 有尖角的
aqueduct (n.) 溝渠; 導水管; 渡槽 ; 橋管
arch (n.) 拱, 拱門 (v. =使成弓形, 拱起)
architecture (n.) 建築學 ; 建築術
atrium (n.) (古羅馬房屋之)廳堂【建】天井前廳；中庭
attic (n.) 閣樓
base (n.) 基，底，基部
beam (n.) 樑; 桁;
brass (n.) 黃銅; 黃銅製品
brick (n.) 磚; 磚塊
bridge (n.) 橋, 橋樑
bronze (n.) 青銅; 青銅製品
canal (n.) 運河; 河渠, 水道
carve (v.) 雕刻
century (n.) 世紀
classicism (n.) 古典主義
classical (adj.) 古典的（指古希臘、羅馬文學、藝術等）
clay (n.) 黏土，陶土
collapse (v.) 倒塌
column (n.) 圓柱
comfort (n.) 安逸，舒適
concrete (n.) 混凝土
construction (n.) 建築；建造
copper (n.) 銅；銅製品
courtyard (n.) 庭院
decorate (v.) 裝飾
dome (n.) 圓屋頂，圓蓋
drain (n.) 水道；排水溝
earthquake resistant (adj. phr.) 抗震
energy efficient (a.) 節能高效的
exterior (n.) 外在的；外表的
facade (n.) 建築物的正面
forum (n.) 古羅的廣場；公開討論的場所
fountain (n.) 泉; 水之源頭； 人造噴泉
foundation (n.) （建築物的）地基，地腳
framework (n.) 框架；支架
function (n.) 功能, 作用
geometric (a.) 幾何（學）的
geometry (n.) 幾何學
grandeur (n.) 宏偉, 壯觀, 莊嚴
granite (n.) 花崗岩
hall (n.) 廳堂；大會堂
hang/put up a painting (phr.) 掛一幅畫
high-rise (n.) 高樓的；高樓
horizontal (adj.) 水平的；橫的
insulate (v.) 使絕緣; 使隔熱; 使隔音
interior (n.) 在內的；內部的
lacquer (n./ v.) 漆; 塗漆
lay bricks (phr.) 砌磚
lime (n.) 石灰
loft (n.) 閣樓；頂樓
marble (n.) 大理石
mortar (n.) 灰漿，灰泥
mosaic (n.) 鑲嵌; 鑲嵌工藝 (a. = 馬賽克的; 鑲嵌的; 馬賽克式的)
mural (n.) 壁畫; 壁飾
partition (n.) 板壁；隔版 (v. = 分為數份；區分)
paint (n./v.) 油漆，塗料
pave (v.) 舖砌；舖(路)
pigment (n.) 色素；顏料
pillar (n.) 石柱
pipe (n.) 管，導管， 輸送管
piping (n.) 管道系統；(總稱)管道
plaster (n.) 灰泥
pottery (n.) 陶瓷製造(術)，陶藝
proportion (n.) 比例
provide shelter (phr.) 提供庇護
raised (adj.) 浮雕的；凸起的；升高的
rebuild (v.) 重建；改建
rectangular (adj.) 矩形的，長方形的
reflect (v.) 反映
renovate (v.) 修理；改善；恢復
restoration (n.) 修復；復原；整修；重建
road (n.) 路
rubble (n.) 石子；碎磚；破瓦
scaffold (n.) 鷹架；建築架
sculpture (n.) 雕刻品 (v=sculpt)
sewage system (n.) 污水處理系統
sewer (n.) 下水道
shelter (n.) 遮蓋物；躲避處；避難所 (v.) 遮蔽；庇護
skyscraper (n.) 摩天樓，超高層大樓
steel (n.) 鋼
spectacular (a.) 壯觀的，蔚為奇觀的
statue (n.) 雕像，塑像
storage (n.) 貯藏庫，貨棧，倉庫
structure (n.) 結構；組織
stucco (n.) (粉飾用的) 灰泥
symmetry (n.) 對稱
tiling (n.) 瓦之統稱；鋪磚；覆瓦的工作
tilt (v.) 使傾斜；使翹起 (n.) 傾斜；傾側
trace (n.) 痕跡；遺跡
vault (n.)拱頂；拱形天花板
vertical (adj.) 垂直的；豎的
ventilation system (n.) 通風系統
wall (n.) 牆，壁；圍牆
wide (a.) 寬闊的
wind resistant (adj.) 抗風的
withstand (v.) 抗拒

Complete List 完整托福和雅思單字表+mp3: http://tinyurl.com/lk3fglc

學習單字的方式:
英文單字學習 I: https://www.dropbox.com/s/tq2ym9m3ihsbuy6/vocabI.pdf
英文單字學習 II: https://www.dropbox.com/s/eu51xclk7qxb211/vocabII.pdf
英文單字學習 III: https://www.dropbox.com/s/fsx6zx150c2q7so/vocabIII.pdf

Free Online Dictionaries 免費線上字典和辭典: http://tinyurl.com/kzctz56

歡迎大家一起跟我來玩：前進！奇諾比奧隊長(Captain Toad)。3-27關的關名叫做：Scalding Scaffold Sinkhole。這關也超難的！奇諾比奧隊長在一個快速掉入熔岩的鑽油平台上，試著在被熔岩淹沒之前，拿到三個鑽石、一顆星星，以及 200 顆金幣。我的經驗是，在這個跟時間賽跑的關卡裡，很難拿的錢幣乾脆就先放棄，有捨才有得！歡迎大家參考我的過關記錄...。

$$ 訂閱《魏巍》頻道吧~ https://bit.ly/2EIy6Rz
----------------------------------------­­---------------------------------------­-­---------------------------
***** 訂閱魏巍頻道 ***** @@ ***** 跟我一起玩遊戲 *****
***** 還會分享各種有趣的短片** @@ ** 趕快去訂閱吧！ *****,
----------------------------------------­­------------­­---------------------------------------­-­---------------------------
#奇諾比奧隊長 #CaptainToad #魏巍