[爆卦]定序primer設計是什麼?優點缺點精華區懶人包

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  • 定序primer設計 在 北歐心科學 NordicHearts Facebook 的最讚貼文

    2020-12-29 05:48:16
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    《qPCR檢測的私隱問題》
    PCR是複製DNA的方法,過程需要稱為「引物」(primer)的物質。簡單說,引物是一個引子,包含了指定序列,你可以當是Microsoft Word裡的Find功能,一般是有一對,簡稱F和R,分別代表從何開始,從何結束。PCR,就是由起始引子相應的序列,複製到結束引子相應的序列。打個比方,起始引子是「我們在天上的父」,結束引子是「直到永遠,阿門。」,PCR就會把整段《主禱文》複製出來。

    檢測武漢病毒的qPCR,一般進行兩到三組,各有一對primer,分別對應武漢病毒的不同基因。理論上,如果這Find功能找到了武漢病毒的基因,就會將其複製倍化,過程發出螢光訊號。觀察螢光,就可以估計有否倍化。而為了確保樣本有人類基因以及PCR過程順利,以減低假陰性機會,最理想是同時用對應人類基因的primer,因為理論上如果樣本沒問題,一定會有人類基因。(這又稱作內部對照組/internal control)

    實驗設計上,這是非常合理的。然而從私隱層面上,政府或公司有權倍化人類的基因嗎?本來的primer設計,是從你的電腦文件中複製《主禱文》,但只要將primer換成「全澳門最大」和「上線啦」,就可以複製出《賭場廣告》,便知道你有沒有看AV了。誰授權政府,可以用這primer,不可以用那primer呢?

    用特定primer組合來找出器官匹配度相關資訊,這種隨便想都能想到的方法,當然有人做了,而且廿幾年前已經做了。這說明單單用檢測武漢病毒同樣的檢測平台,足以找出你各樣基因資訊。

    當然,現在有更多更先進的方法,不用靠PCR。我們系統性地交出人類樣本,中間有什麼人處理,拿來做過什麼實驗,更無人知曉。

    然而,政府並無公開他們用什麼primer組合,什麼實驗設計,什麼準則判定陽性,更遑論樣本的處理過程(之前就發生了公司交叉感染樣本的情況。)。另邊廂,我們也從不討論這技術必然會引伸的私隱問題。

    很多本業就是做人類基因定序的公司,得了這麼大量的人類樣本,難道不會偷偷看一眼?難道陳冠希叫你幫他修電腦,你不會看一眼?

    (用PCR找出你器官匹配度的方法:
    https://link.springer.com/protocol/10.1007%2F978-1-62703-493-7_8)

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