※ 引述《midnight4 (midnight)》之銘言：
: 借標題問一下
: 一般大家都是設計跨intron的primer

避免Genomic DNA contamination

: 但是好像很少會考慮primer dimer造成的影響
: 是為什麼呢？

Syber Green 要考慮 primer dimer

Hydrolysis probe (Roche UPL)不用

很貴的Taqman不用設計也不用

原因起參考其原理不同

: 常常為了跨intron因此怎麼調都有hairpin or primer dimer...
: 另外有些基因他的intron很少或是剛好都在5'端
: 這樣大家還會去設計跨intron的primer嗎？

能設計就設計

不能設計 就操作時避免genomic DNA contamination可能性


順便附上兩個網站 是設計primer的

Roche UPL (Roche hydrolysis probe用) 可能會有primer dimer
http://ppt.cc/PsRo

Primer bank (For SyberGreen system)
http://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/

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本人是個死孩子 還沒用過syber green system （欠打）
但是 有老師說上面這個primer 大約有90％可以for SyberGreen
就參考看看囉！

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