20140528北捷事件暴露出制度問題，管碧玲今於內政委員會質訊警政署‎王卓鈞署長時指出，根據現行之大眾捷運法，安全事件指揮權的主管機關為台北市政府，事故調度指揮的SOP為:司機員通報行控中心、行控中心通知捷運警察、捷運警察還得先回報北市警局，再轉知會此次案發地點的新北市當局，拖延了援救黃金時間。相形之下，鐵路法規定指揮權在事發地的地方政府，如此設計較能因應緊急事故。管碧玲要求研修大眾捷運法，解決安全指揮體系遭切割的制度癥結。另外，警政署航警局在桃園機場的安全檢查大隊人員嚴重不足，長期由約聘雇人員擔任安檢工作，目前約聘雇比例高達41%，但這些人員不但訓練不足，與警職人員相比，薪水更是只有一半。除此之外，正職的安檢人員缺額也高達207名，她要求警政署應該補足航空警察局的警員缺額。