【兩種蜂長很像，嗅覺受器不一樣】

終於可以來寫這個惹。同一物種的分家、新物種形成，是重要的演化議題。這個論文調查兩種有接觸機會的蘭花蜂，發現它們之所以不太會情慾交流，與費洛蒙有關。

《非洲三個大湖坦干伊加湖、馬拉威湖、維多利亞湖，竟然有1200種慈鯛》
https://neanderthaldna.pixnet.net/blog/post/223326150

兩種蘭花蜂（orchid bees）住在中美洲，一種叫 Euglossa dilemma，另一種叫 Euglossa viridissima，為求簡單，之後就簡稱為 D蜂和 V蜂。

D蜂住在中美洲比較南方之處（圖中藍色勢力），V蜂住的比較北方（圖中綠色勢力），不過中間兩種都有。論文定序 232 位男生的基因組，發現 D蜂遺傳上可以分為兩大祖源，V 蜂則是由其中一群衍生而成的新物種。兩者分家估計有 15 萬年。

蘭花蜂由環境中取得原料，生產費洛蒙，以氣味交流。論文用汽相層析—質譜儀（GC-MS），蒐集 384 位男生的費洛蒙，發現有兩種費洛蒙差異最明顯。

一種費洛蒙 HNDB（2-hydroxy-6-nona-1,3-dienyl-benzaldehyde）只有 D蜂在用，另一種 L97（linoleic acid lactone-derivative）則是專屬於 V蜂。也就是說，兩種蘭花蜂，各自有一種自己物種專用的費洛蒙。

《促進情慾流動的果蠅費洛蒙，竟然也能讓人類有反應!?──2018搞笑諾貝爾生物學獎》
https://neanderthaldna.pixnet.net/blog/post/222503844

比較兩種蘭花蜂整個基因組的差異，論文發現有些遺傳變異，只存在於一種，不太存在另一種；這可能是導致它們差異的來源。

有意思的是，所有差異明顯區域的基因，都屬於嗅覺受器（olfactory receptor，簡稱 OR）；總共 18 個，D蜂有 14 個，V蜂 4 個。

昆蟲的味覺受器 OR，一大作用是接收費洛蒙起反應。這批基因中，OR41 的差異最明顯，V 蜂的 OR41 應該是祖先款，D 蜂的是衍生款；兩者間在 DNA 層次上有 19 處差異，高達 17 處差異會導致氨基酸改變，所以兩種蘭花蜂的 OR41 基因差別不小。

各位看得懂 dN/dS 這個數值的話，V蜂的 OR41 是 0.3，D蜂高達 16.1，實在是非常高，意謂此一基因在 D蜂的新突變，有不少被保留下來。

論文想要了解 OR41 實際的功能，於是用果蠅當材料測試。結果 V蜂版 OR41 辨識分子時，並沒有對哪種成分有專一性；相對地，D蜂版 OR41 對 HNDB 非常敏感。

如前所述，HNDB 是專屬於 D蜂，V蜂沒有的費洛蒙。D蜂衍生版的 OR41 對 HNDB 特別敏感，看來是 D蜂與 V蜂差異明顯的分化。

論文推論，此一基因的差異，會影響兩種蘭花蜂的情慾交流，是導致兩者分家的關鍵。

這邊有點可惜的是，論文沒有釐清 D蜂衍生版 OR41 的演化史。假如它誕生的年代比兩種蜂分家更古早，它就有可能是導致物種分化，D蜂從 V蜂家族中脫離的起因；若是它在兩者分家以後才逐漸形成，就與物種分化無關，而是維持兩者保持分家，不再融合的因素之一。

不過，還是個很有意思的物種分化研究，大家拍拍手 👏👏

論文：
https://www.nature.com/articles/s41467-019-14162-6
新聞稿：
https://www.eurekalert.org/pub_releases/…/uoc-\-\asg011320.php

🤦🏻‍♂️🤦🏻‍♂️🤦🏻‍♂️
《Nature》越來越嘩眾取寵，常考慮「爭議性」多於科學價值。

【落伍遺傳學，粒線體不能這樣用！】

這個論文上週發表在 Nature 以後，引發一批人類演化學家一陣劣評，我覺得很有道理。我看完這個研究自己發的新聞稿，覺得講法非常落伍，再看論文覺得，天啊這群人是認真的嗎？她們寫自己論文的同時，有讀過別人的作品，稍微跟上現在的趨勢嗎？

《改寫智人物種起源：時間從30萬年前起、地點涵蓋整個非洲》
https://neanderthaldna.pixnet.net/blog/post/217178517

用粒線體差異，研究人類的演化遺傳史，從 1980 年代起引起重視，也是支持智人非洲起源的有力證據。

然而，粒線體只是一小部分的遺傳，在定序基因組，甚至是古代基因組的技術都成熟以後，分析粒線體當然還是有其價值，也有基因組不可取代的角色，可是不該過度解讀。

這個論文，做出很糟糕的示範。簡單說，這個論文獲得 198 位南非人的粒線體 DNA，大部分型號屬於「L0」旗下。

粒線體單倍群 L0 之所以重要，是因為這是目前仍然存在，最早與其他人分家的單倍群，可以讓我們一瞥古早智人支系的樣貌。

取得非洲人的遺傳樣本很不容易，材料難得，大概是 Nature 接受這個投稿的原因。然而，這個論文的分析與論述方式，彷彿 20 年前的手筆。

《智人哪裡來－非洲多地起源論？》
https://neanderthaldna.pixnet.net/blog/post/222284913

論文估計 L0 旗下，各衍生型號的分家年代，然後對應到現代的地理分佈，按照各型號的誕生年代，推論古早智人的遷徙路線與年代。

按照論文的講法，最初的 L0 能追溯到非洲南部，現在很乾燥，但是古時候是濕地區的 Makgadikgadi–Okavango；智人 20 萬年前就在那兒誕生，延續約 7 萬年；接著隨氣候變化向外遷徙，有人先向東北，有人後往西南。

除惹最基本的，粒線體不等於人體以外，這個論文的問題還有不少，很適合作為負面教材。另一項基本問題是，一個型號現在在這裡，幾十萬年前也會在同樣的位置嗎？

粒線體本身是單一遺傳標記，有一定的消失機率，也容易被情慾交流後的另一群人取代；西班牙胡瑟裂谷，43 萬年前的尼安德塔人，粒線體卻比較像是丹尼索瓦人就是明證。

現代粒線體型號的分佈，到底能不能代表古代族群，其實沒人知道。這個論文研究的，又是相當稀有的型號，我猜這方面問題只會更大。

有些遺傳學者認為，像是粒線體、Y染色體、特定基因版本等等單一標記，只適合研究比較短期，單純的遺傳史，不適合用來追溯長期，牽涉複雜情慾流動的演化史，我覺得非常有道理。

還有一個問題是，論文混用惹一個概念：解剖學上的現代人，英文是 anatomically modern human，簡稱 AMH。

AMH 是現在流行的講法，因為智人 Homo sapiens 嚴格說起來，有「物種」的定義，但是人類何時變成「智人」，非常有爭議，因此許多人改用 AMH，意思大概就是「我的意思是指智人，但是不想涉及物種爭議」。

然而，粒線體DNA 是遺傳概念，AMH 是型態概念，兩者沒有直接關係。論文卻好像直接把 AMH，描述為配備 L0 粒線體衍生型號，現在的智人祖先。

我覺得這樣講問題很大，事實上沒有人知道，一位配備 L0 的古早人類，究竟是不是 AMH。完全也有可能，所謂 AMH 的多數型態，是其他族群發展出來，後來又跟配備 L0 的女生合體，才形成現在的狀況。

一個論文中有這些疏漏，若是發表在XXOO期刊，沒有太多人會讀到也就算惹，但是發表在 Nature，那就難怪人類演化界多有負評惹。

BTW，《基因：人類最親密的歷史》這本書中，也來惹一段類似的人類原鄉、遷徙路線描述，暴露出作者對人類演化領域，不太在行的弱點。

我覺得論文作者解釋再多也沒意義，她們就是這樣寫的：「非洲南部 20 萬年前的某處，是智人的原鄉」。但是此一論點絕對是錯誤的，有項很簡單的證據反駁：智人現存最早分家的 Y染色體，目前位於西非。

假如你自己做研究，獲得稀有材料，寫出來的論文，不妨試試投稿 Nature 吧！

論文：
https://www.nature.com/articles/s41586-019-1714-1
新聞稿：
https://www.eurekalert.org/pub_releases/…/giom-tho102319.php
新聞：
https://www.sciencemag.org/…/experts-question-study-claimin…

這篇有趣，但別只吃兔子，會 rabbit starvation

【面對致命病毒，澳洲英國法國的兔子，平行演化抵抗】

英國人 1859 年時，將原產於歐洲的穴兔引進澳洲，結果兔兔大爆發，造成生態浩劫。1950 年，澳洲施放「黏液瘤病毒（myxoma virus）」，希望能消滅不受控制的野生族群，一時殺死惹大部分兔兔。🐰🐰

《滅蚊有望？大溪地用細菌消滅蚊子》
https://neanderthaldna.pixnet.net/blog/post/217967964

世界另一邊，1952 年時，法國也對兔兔使用病毒，隔年致命病毒傳入英國，前幾年滅兔效果都類似澳洲；不過就像許多「生物防治」的案例，三個地方的兔兔，幾年後數量都再度復甦。

現在認為，病毒對兔兔的傷殺力之所以不如以往，是由於兔兔演化出對病毒的抵抗力；另一方面，病毒也變弱惹，不再那麼容易殺死宿主，增加自己的存活機率！

經歷病毒的考驗，活下來的兔兔和以前有什麼差別？這個論文，蒐集惹大批樣本，探討病毒肆虐以後，兔兔遺傳上有哪些改變。

論文主要定序兔兔基因組上，會轉錄為蛋白質的基因位置 exome，一共 19293 個基因，以及粒線體，還有 3 段免疫基因 MHC 周圍的區域。取得樣本有：
法國：古兔 29 隻，現代兔 26 隻。
英國：古兔 29 隻，現代兔 25 隻。（包括一件達爾文的標本🐰）
澳洲：古兔 17 隻，現代兔 26 隻。

歷史上，歐洲的穴兔（Oryctolagus cuniculus）原產於西南歐，主要是法國、西班牙一帶，13 世紀引進英格蘭，1859 年後，又從英國被帶到澳洲。

由樣本間的遺傳差異看來，兔兔老家法國的族群，遺傳多樣性最大，而源自英國的澳洲族群，兩者彼此更加接近，符合兔兔的傳播歷史。

《小王子能馴服狐狸嗎？一場歷經近60年的銀狐馴化實驗》
https://neanderthaldna.pixnet.net/blog/post/222468279

黏液瘤病毒，本來感染美洲的棉尾兔（cottontail rabbit），不會殺死宿主，碰到穴兔卻會致死。病毒一開始作用的時候，穴兔死亡率高達 99.8%，造成極為強烈的演化壓力。

3 個地方的兔兔族群，基因組上合計偵測到 193 個 DNA 變異，可能和適應有關；其中 94 個變異，同時在兩地以上出現。有意思的是，絕大部分變異，在各地兔兔碰見病毒以前，族群中就已經有個體配備惹。

由此看來，讓三處兔兔對抗病毒的遺傳變異們，大概早在 800 年前，就已經存在歐洲的族群中。這份潛力後來也被帶到英國與澳洲，等到面對相同病毒的考驗時，又分別脫穎而出。

不過，似乎不存在一個萬能基因，就足以對付病毒。和抵抗病毒有關的 DNA 變異中，只有 1% 能固定在現代族群中，因此，三處兔兔抵抗病毒時，應該都有好幾個基因一同作用。比較明顯的基因有 IFN-ａ21A、CD200-R、CD96、FCRL 等等。

這個研究真是各種啓發～ 🐰

論文：
http://science.sciencemag.org/…/…/2019/02/13/science.aau7285
新聞稿：
https://www.eurekalert.org/pub_re…/2019-02/uoc-drh021219.php
新聞稿：
https://www.eurekalert.org/pub_re…/2019-02/asu-hti021419.php
Science新聞：
http://www.sciencemag.org/…/seventy-years-ago-humans-unleas…

PHP與雲端資料庫教學總整理(2015)

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最近開的課程其實都是可以相互整合的，
而這些可成都跟目前大數據時代的處理與應用有很大的關係，
其中有和APP開發有關的有 ANDROID APP開發與雲端實務應用2015
另外，如何和 APP的資料庫連結還有賴向PHP技術，
這方面的開課有 PHP雲端資料庫教學，
最近發表過的文章有 ：
PHP雲端資料庫教學之1(打造PHP與MySQL環境)
PHP雲端資料庫教學之2(建立互動PHP網站)
PHP雲端資料庫教學之3(動態網頁如何傳遞引數GET與POST)
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01_如何利用FOR迴圈輸出多選
02_如何利用FOR迴圈輸出多選(GET傳送)
03_PHP證照考題說明與表單設計說明
04_PHP證照考題說明與結果畫面
05_02_表單介面設計
06_表單設計細節與傳遞參數與接收
07_如何在表格中顯示接收到的變數
08_將換行轉成BR換行與PHP中文手冊

之後的課程還會在講有關PHP與MYSQL連解方面的課程，
也可以把EXCEL的資料匯入到MYSQL，可以利用PHP建立雲端資料庫，
可以當成是EXCEL和APP的共用資料庫，
對這部分有興趣的網路學員可以留意。
教完MYSQL之後，接下來就是利用DW CS6來建立動態資料庫網站，
亦即不用PHP程式也可以建立互動式網站，
但還是有點PHP程式會比較好理解邏輯。

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參考書目
Dreamweaver CS6 X PHP超強互動網站特訓班(附影音教學、獨家擴充程式、範例、試用版)作者： 鄧文淵/總監製，文淵閣工作室/編著

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作者： 文淵閣工作室 (著)

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作者： 財團法人中華民國電腦技能基金會

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