為什麼這篇od值abs鄉民發文收入到精華區：因為在od值abs這個討論話題中，有許多相關的文章在討論，這篇最有參考價值！作者dhaphy (我真的宅爆了XD)看板Biotech標題Re: [求救] 細菌生長曲線測定時間T...
不好意思 我想承接這篇文章請教大家一個相關的問題
我也是要表現protein 用BL21(DE3)這隻菌
因為實驗在兩個地方做 所以測菌量的方法有點不同
我想要把兩邊的系統統一起來 但卻得到奇怪的結果 >"<
1. 在台大 --> 用分光光度計
前一天先挑一顆single colony到LB中 37度 180rpm overnight
隔天早上 取50uL加到5mL LB中 37度繼續搖約1.3hr
此時用分光光度計測
600nm O.D.為0.382 (來有另一值為0.191A --> A上應該有個小圈圈)
同一菌液sample 馬上on ice 移至中研院 (車程約1hr)
2. 在中研院 --> 用Nanodrop 1000
台大帶來的菌液馬上測 (使用cell culture mode)
600nm Abs. 0.028
Cursor Pos. 280nm Abs. 0.179
因此想請問各位大大
兩邊側起來的讀值 該怎麼整合會比較好??
我知道菌在冰上仍會長 所以不可能得到完全相同的讀值 (畢竟機器間也有bias)
我只求我在兩邊做的實驗不要差異太大
謝謝大家!
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.109.57.12
※ 編輯: dhaphy 來自: 140.109.57.12 (10/25 15:49)
→ skybreeze:在中研院養..... 10/25 17:10
→ dhaphy:請問樓上的大大的意思是??? 我有點catch不到問題點 @@ 10/25 17:46
推 alaric:菌液請搖勻 再取樣, 不然, 誤差很大. 10/25 20:24
→ dhaphy:樓上a大您好 我有搖勻 :) 也pipetting了好一陣子後馬上取! 10/25 22:09
→ dhaphy:那 如果我改個方式問... 若是實驗protocol要求OD達0.4以後 10/25 22:10
→ dhaphy:就可以開始IPTG induction 那 用nanodrop測的哪個值就是 10/25 22:11
→ dhaphy:protocol中要求的"0.4"呢? 謝謝大家!!! 10/25 22:11
→ blence:真好奇中研院哪一台nanodrop可以讓你放菌不怕污染？ 10/25 22:51
→ blence:建議你還是在中研院找一台分光光度計,一般的OD測量是以1cm 10/25 22:52
→ dhaphy:ㄜ.........所以會汙染啊 @@ 那我明天乖乖去消毒 OMG 10/25 22:52
→ dhaphy:謝謝樓上b大 因為我翻了nanodrop手冊說可以測cell culture 10/25 22:53
→ blence:石英管穿透之後的透(吸)光值做為代表,所以隨著距離變長變短 10/25 22:53
→ blence:OD值就會變化,但一般來說nanodrop是經過校正才能測260/280 10/25 22:54
→ dhaphy:又上網查了 有人用nanodrop測菌液吸光值 就以為可以這樣~昏 10/25 22:55
→ blence:的吸光OD,但是測菌液並不是測吸光,而是測濁度,因此所以nano 10/25 22:56
→ blence:內建的的校正公式無法把OD600反應在一般分光光度計的數值 10/25 22:57
→ dhaphy:謝謝b大的指導以及提醒 我要開始懺悔了 >"< 10/25 22:57
→ blence:就像ELISA reader可以測OD600,但數值也不會跟一般的範圍 10/25 22:58
→ blence:我不建議自做不同機器的數值轉換,因為你不熟原廠的數值校正 10/25 23:00
→ dhaphy:不好意思 想不要臉的再請教 該怎麼清理測過菌液的nano較好? 10/25 23:01
→ dhaphy:有必要請廠商來清理嗎? 還是可以自己做一些清潔(罪惡感 @@) 10/25 23:02
→ skybreeze:我的意思是 何不在中研院transfer後培養至需要的OD值 10/25 23:45
→ skybreeze:為何要分兩地奔波 10/25 23:45
→ dhaphy:回應樓上s大 因為這學期小的剛好必須回台大rotation 但有時 10/26 00:17
→ dhaphy:又要趕回中研院開會或是做實驗 為了搶時間 想要把在台大學 10/26 00:17
→ dhaphy:的實驗 有時可以利用在中研院的空檔 一起做...好像太貪心:( 10/26 00:18
→ dhaphy:說真的 如果可以在一邊做就好 我也很想 TUT(其實是貪心 哀) 10/26 00:19
→ skybreeze:而且你這樣攜帶也不保險 今天是帶BL21實驗室菌株 還好 10/26 00:36
→ skybreeze:哪天實驗材料換成具傳染性的菌株 會有觸法疑慮 10/26 00:37
→ skybreeze:而且你這樣趕著做 中間操作變因徒增 如果不具再現性 10/26 00:39
→ skybreeze:真的只是給自己找麻煩而已 10/26 00:39
→ dhaphy:謝謝s大建議 我會審視一下自己實驗的規劃的~ 感謝喔! 10/26 01:41
→ dhaphy:謝謝j大喔 :) 感謝以上的大家 給了我很多很棒的指導 感恩!! 10/26 02:42
推 Nicoleching:中研院很多所得nanodrop都有規定只能測DNA/RNA 10/26 12:38
→ Nicoleching:因為怕測別的沒清乾淨會影響讀值 10/26 12:40
→ Nicoleching:之前有人拿來測蛋白質結果後來測DNA時 10/26 12:41
→ Nicoleching:誤差就變大了（剛好有兩台）因為蛋白質比較不 10/26 12:42
→ Nicoleching:易清理乾淨，後來還請廠商來清=_= 10/26 12:43
→ dhaphy:昨天已與廠商聯絡 的確如樓上n大所說 蛋白較難清理 容易殘 10/27 14:38
→ dhaphy:留 菌液的部分廠商建議ddH2O 5uL清洗數次且時間長些即可 10/27 14:40
→ dhaphy:並且昨日清潔完畢再測核酸 正常!... 謝謝各位大大給的建議! 10/27 14:41