[爆卦]microarray分析是什麼?優點缺點精華區懶人包

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  • microarray分析 在 康康醫師超音波共筆 Facebook 的最佳解答

    2021-03-03 22:05:46
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    🔎第一孕期發現頸部透明帶太厚,但是染色體檢查都正常怎麼辦?

    第一孕期的超音波很重要,其中最主要的「頸部透明帶」如果太厚,有可能跟染色體異常有相關,常見如唐氏症、透納氏症等。

    不過,如果當目前常用的兩種染色體檢查(#染色體核型分析,和 #基因晶片)都顯示正常,是不是就一定沒問題呢?

    ➡️這時候要想到一個相對常見的症候群:
    Noonan syndrome,#努南氏症

    這是一個甚麼樣的疾病呢?

    網路上google就會告訴你一堆資料還有出生後的特徵,產前主要是 #脖子後面過厚(積水、囊性水瘤、全身水腫),還有可能出現 #先天性心臟病。

    是顯性遺傳,約30-75%遺傳來自父母其中一方,其他則是自發性突變。常見的基因是PTPN11,有50%左右的人是這種基因缺陷;其他基因還有SOS1, RAF1, RIT1, KRAS, NRAS, BRAF及MAP2K1等。

    ✏️一般的染色體核型分析(karyotyping,也就是最一般傳統抽羊水做的檢查,高齡有補助的那種),或是基因晶片(microarray,檢測微缺失或微擴增這類疾病)都無法檢測Noonan syndrome,因為他的相關基因不但有很多種,而且所牽涉的片段太小了,必須用定序的方法來檢測。

    ✏️如果兩者都顯示為正常的胎兒,建議可以考慮加做Noonan基因的篩檢。

    ---

    🔎最典型的超音波特徵

    ✔️第一孕期頸部透明帶過厚
    ✔️第二孕期頸部囊性水瘤 (cystic hygroma)
    ✔️先天性心臟病
    ✏️常見的是 #肺動脈狹窄 Pulmonary stenosis,佔約50%
    ✏️第二常見的是hypertrophic cardiomyopathy,佔約20-30%

    🔎當然還有其他可能出現的超音波發現

    ✔️淋巴回流異常 ➡️導致胎兒水腫,肺部積水
    ✔️羊水過多,大約三分之一會出現
    ✔️腎臟異常(腎水腫最常見)

    ✏️最近文獻指出,只要有一項超音波異常懷疑是Noonan,就可以考慮檢驗;如果想說要兩項以上超音波異常才去檢驗,有可能會降低發現Noonan的機率。

    ✏️根據荷蘭一篇文獻的統計:有10%頸部透明帶過厚的原因是Noonan syndrome。

    ---

    前幾天2/28連假參加FMF線上會議時,各國胎兒醫學大師們討論的結果整理如下,可供臨床醫療人員參考:

    依照國情不同,有不同的篩檢習慣...

    🇺🇸美國/🇩🇪德國體系

    NT過厚就直接做絨毛膜穿刺檢查染色體 (同時karyotyping+array)
    -> 兩者結果正常
    -> 直接再做Noonan syndrome基因檢測

    ⭕️優點:省時⏰。
    可提早確診,這樣的時程算起來二十周前應該可以知道結果。如果需要引產,可減少對產婦的傷害。

    ❌缺點:花比較多錢💸。

    🇬🇧英國

    NT過厚直接做絨毛膜穿刺檢查染色體 (這在各國之間作法都沒有太大差異)
    -> 兩者結果正常
    -> 等到第二孕期超音波,如果持續有頸部後積水/過厚的情形
    -> 再考慮做Noonan基因檢測

    ⭕️優點:省錢💰(以公衛角度和個人角度都是)。
    Noonan通常是持續性的頸部後面過厚,等到第二孕期如果還有症狀,此時再做基因檢測,可以減少不必要的花費。

    ❌缺點:可能到二十幾週才確診,若要引產,對產婦生理心理影響較大。

    —-

    🔎如果單純以頸部透明帶厚度來討論,是否有大於多少就建議一定要做?

    ✔️厚度>5mm,建議直接考慮檢驗Noonan

    ✔️厚度>3.5mm + 其他超音波異常,建議檢驗Noonan

    ---

    當然,頸部透明帶過厚,染色體又正常的原因,不完全就都是Noonan,還有可能是其他無數種數不清的syndrome,有可能需要定序(如exome sequencing)才找得出原因。

    這又是另一個很大的學問了!

    #noonansyndrome
    #頸部水腫
    #早期胎兒超音波
    #產期基因檢測

  • microarray分析 在 Bb豬與媽媽 Facebook 的最讚貼文

    2019-10-15 16:47:38
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  • microarray分析 在 威廉氏後人 - 李毅評醫師 Facebook 的最讚貼文

    2019-09-01 20:04:17
    有 352 人按讚

    <當決定抽羊水之後:傳統染色體、初代羊水晶片、SNP羊水晶片>

    各位好

    小弟鍵盤婦產科 - 威廉氏後人

    -

    針對產檢,

    看來只剩這最後一塊拼圖 – 羊水晶片。



    乙型鏈球菌有點懶得講了

    反正不管將來要自然生還是要剖腹都要驗

    就這樣,講完了

    -

    關於羊水晶片

    我之前一直不願意寫這個題目

    因為這個題目相當困難。

    我一直在想

    要怎麼讓一般民眾了解傳統羊水、第一代晶片、第二代SNP晶片要如何選擇。

    -

    染色體遺傳疾病千百種。

    要完整說明是不可能的。

    -

    我接下來會用一個我自己想的比喻方式來做說明

    希望能夠讓妳更容易理解。

    也許有些微的失真

    又或許明天就會有第三代、第四代晶片問世

    -

    針對每一塊晶片的細部差異

    各家廠商各自的說法

    我想就由各位再自行斟酌了。

    -

    以下,我只做原理的說明。

    到底要怎麼選擇,

    還看妳跟妳先生的經濟狀況跟對疾病的恐懼程度而定。

    -

    當高齡產婦這個名詞套用在妳身上的時候

    當初唐結果被告知高風險的時候

    當NIPT的不確定性讓妳動搖的時候

    我們會選擇羊膜穿刺。

    -

    那是單純羊膜穿刺就好?

    還是單做羊水晶片就好?

    還是要兩個都做?

    這是一個困難的抉擇。

    -

    說到人類的染色體齁

    就像這禮拜我帶我女兒去上學

    參加了小學開學的升旗典禮



    一個一個小朋友排排站

    一共46個小朋友。

    其中

    男生1號~23號

    女生1號~23號

    兩兩一個排排站,

    一半是男生 (來自父親的染色體)

    一半是女生 (來自母親的染色體)

    每個同學都穿著

    繡上自己座號的帽子、制服、褲子、和鞋子

    準備前往操場升旗。

    -

    班導是男老師的班級,

    因為男老師排座號時糊裡糊塗地亂排

    所以排到最後一號的時候

    發現一個超矮的男生配一個超高的女生。(46, XY)

    -

    班導是女老師的就不一樣了

    做事情比較謹慎

    學生一共23排,

    每一排都長得差不多高。

    整整齊齊的,兩兩成對。(46, XX)

    -

    傳統染色體分析

    就像班導師一個一個點名、服裝儀容檢查。

    一號:有!

    帽子有戴!衣服有穿!褲子有穿!鞋子有穿!

    老師說:很好!

    二號、三號、四號這樣一直下去。

    -

    如果多了一個同學,

    或者少了一個同學

    正常的老師都應該馬上會知道

    -

    如果第21排的同學多了一個

    就是唐氏症 (47, +21)



    這也就是為什麼

    針對唐氏症,

    羊膜穿刺可以說幾乎是100%診斷力。

    因為多了一整條染色體

    一字排開之後

    再怎麼樣也看的見。

    -

    如果最後一排的同學少了一個

    只剩一個高高的女生,

    就是透納氏症 (45, X0)

    -

    如果哪個同學帽子沒戴或鞋子沒穿

    就是染色體大片段缺失(Deletion)

    -

    如果哪個同學的帽子戴反了

    就是染色體反轉(Inversion)

    -

    如果哪個同學帽子戴了兩頂

    就是染色體重複(Duplication)

    -

    如果張姓小朋友的帽子

    跟李姓小朋友的帽子兩個人互換了戴

    這種情形叫做染色體轉位(Translocation)

    -

    眼睛再怎麼大的老師

    都應該看出來的班級同學的人數或者明顯的服儀問題

    這樣,我們叫做"巨觀的"染色體變異。

    -

    通常班上多一個人或少一個人

    如此嚴重的出錯

    往往也會形成嚴重的問題。

    -

    所以"染色體數目"出錯的情況

    問題通常很嚴重。

    也是NIPT就有能力判斷的主要疾病類型。

    -

    至於缺失、反轉、重複、轉位的情況

    看妳受影響的片段大小跟位置

    會決定不同的臨床症狀

    -

    比如說第21排的小朋友

    莫名其妙帶著一個超大的假人頭來上學

    變成雖然第21排還是只有兩個小朋友

    卻看起來有三顆人頭

    還是會被老師視為唐氏症。

    (真實世界也確實是如此)

    -

    所以升旗典禮小朋友排排站的服儀檢查

    就是傳統染色體檢查

    對於染色體數目異常或者巨觀的變異

    有著非常好的診斷力

    -

    開學典禮之後

    第一天就要上體育課



    今天是上游泳課。

    所有同學把帽子、制服、短褲、跟鞋子都丟進了大籃子裡。

    每一件帽子、衣服、褲子、跟鞋子上面都有繡上座號

    但是籃子裡亂成一團

    -

    神經病又戀童癖的校長 - 威廉氏後人

    偷偷的把一件一件的衣服、褲子、帽子、鞋子

    按照上面的名牌座號順序

    一件一件的用放大鏡檢查。

    -

    喔! 三號女同學的衣服上有早餐的污漬!

    喔!五號男同學的帽子破了一個洞!

    喔!10號男同學的褲子口袋怎麼多一個!



    類似這樣

    每一個同學的每一個部分

    再很神經質的一點一點用放大鏡檢查

    能夠比班導師用肉眼

    能夠抓到一些更微小的異常



    不管是微小的缺失、微小的重複、還是微小的變異

    都能夠被診斷出來

    這就是羊水晶片的分析方式。

    -

    傳統染色體只能看到5百萬個序列長度(5MB)以上的變異

    羊水晶片只要2萬個序列長度(20KB)左右的變異就看的出來。

    妳可以想像成:

    解析度大到5MB的圖,

    眼睛才能看清楚

    檔案小到20KB的圖,

    眼睛根本無法看清楚,

    需要靠放大鏡才能略知一二。



    當然越高解析度的晶片,

    就像變態校長威廉氏後人

    用倍率越大的放大鏡檢查一樣的原理

    能夠看出更小的變異。

    -

    另外

    就像小朋友的衣服領口最容易髒

    所以變態校長會特別專注去檢查領口

    -

    既然我們知道了這個地點特別容易出錯

    就會特別去針對容易形成疾病的點位作放大跟分析

    所以羊水晶片就能比傳統染色體診斷出更多的罕見疾病。

    -

    現今已知許多微小染色體缺失的疾病

    如:小胖威利症候群、天使症候群、迪喬治症候群、貓哭症候群....等等幾十種,

    這些用傳統的染色體方法是檢查不出來的

    但用基因晶片就可以很容易的被檢查出來。

    -

    說到這裡

    很多人會問我說

    那幹嘛不都單做羊水晶片就好了

    為什麼還要做傳統染色體檢查。

    -

    恩,

    儘管變態校長威廉氏後人用了放很大的放大鏡

    也確實每一件衣服、每一條褲子、每一個帽子、每一雙鞋子仔仔細細的看過了

    還是有兩種情況我還是會看不出來

    但升旗典禮的班導師一眼就能看出來的



    就是張姓小朋友的帽子

    跟李姓小朋友的帽子偷偷互換的情形。

    或者是5號小朋友帽子反過來戴這種情形

    -

    這兩種情況叫做”平衡性轉位”以及”平衡性反轉”

    -

    因為帽子總數一樣

    小朋友總數也一樣

    當每個小朋友脫下帽子

    一個一個拿放大鏡檢查的時候

    反而會漏掉了這些情況。

    -

    就因為晶片有這種見樹卻不見林的缺點

    所以單做羊水晶片

    還是沒辦法完全取代傳統染色體檢查的。

    -

    最後

    簡單講一下

    第二代晶片 – SNP晶片

    -

    SNP的原理是什麼一點都不重要

    總而言之他就是能分辨妳的某一條染色體

    是來自爸爸還是來自媽媽。

    -

    就好像班上的同學排排站,

    第一排:一個男生、一個女生

    第二排:一個男生、一個女生。

    以此類推。



    這樣的情況是正常的。

    如果哪一排忽然出現兩個都男同學

    這樣就有問題了。

    -

    這樣的情形我們叫做"單親二倍體"。

    就是說這個一對染色體

    都是來自爸爸,或都是來自媽媽。



    舉例來說,

    如果第十五對染色體兩條都來自媽媽

    儘管染色體數目、型態、全部都對

    還是會造成小胖威利症候群。

    -

    但是齁

    分辨一條染色體是來自爸爸還是媽媽

    這件事情非常困難

    傳統染色體分析做不到

    第一代羊水晶片也做不到

    只有第二代SNP羊水晶片才做得到。

    -

    就好像男生的制服跟女生的制服其實長的一模一樣

    班導師用肉眼分不出來。

    變態校長用放大鏡也分不出來

    -

    除非用上特殊附有紅藍光顯影的放大鏡

    來自男同學的上衣,會呈現藍光

    來自女同學的上衣,會呈現紅光。

    也因為如此,

    才能夠按照號碼去確定

    哪個號碼是不是出現了兩件都是女生的上衣。

    也就是第十五排出現兩個女同學的情形

    -

    所以,

    SNP晶片的強項在於多識別出”單親二倍體”的存在。



    當然還有一種極其罕見的情況,

    叫做全三倍體,

    SNP晶片才看得出來,

    傳統晶片看不出來,

    就是每一排都站了三個人

    一共69個小朋友。

    但這種情況太少見,而且胎兒也無法存活

    而且傳統染色體檢查根本一目瞭然。

    所以我想就忽略不討論了。



    所以

    如果你要問我

    羊水晶片要不要做

    如果要做,該怎麼選擇?

    -

    我會很直白地跟妳說

    羊水晶片可以比傳統染色體看得更細

    診斷出更多罕見疾病

    但這些疾病都極其罕見

    發生率都在萬分之一以下。

    -

    由於抽羊水的風險都已經承擔了

    無論做不做晶片的風險都一樣

    如果2萬多塊對妳來說不大的話

    就晶片就毫不猶豫地做吧。

    -

    如果妳覺得

    我只要確定不是唐氏症

    我只要確定不是太嚴重的染色體異常

    那些罕見的疾病就算了吧

    應該也沒那麼大機會碰到

    那傳統染色體分析就足夠了。



    最後,

    一定要提一下的是

    當羊水晶片解析度越來越高的時候

    常常會出現一些不知道會不會怎麼樣的結果。

    -

    16號小女生的衣服上有一點污漬會怎麼樣嗎?

    9號男生的鞋子破了一個小洞會怎麼樣嗎?

    2號女同學褲子有三個口袋會怎麼樣嗎?



    除了已知會形成疾病的特定區段之外,

    如果晶片發現了其他少見的變異到底會不會怎麼樣?



    通常啦

    這時候會去世界級的大資料庫裏面搜尋:

    喔,小男孩的鞋子有破洞,

    可能會得到:

    這個小孩以後比較粗心大意、注意力不足、過動、學習較為遲緩、閱讀障礙之類的分析



    但是齁

    有問題的人才會被回報上去

    沒問題的人就默默地繼續長大成人。



    所以也有可能這段區域變異

    根本不會怎樣

    繼續活在妳我周邊。

    -

    但只要妳查了資料庫

    幾乎都是負面的消息就是了。



    所以

    如果遇到這種不確定的區間變異

    我們建議要檢查爸爸跟媽媽的染色體



    如果爸爸或媽媽有一個人

    也是有完全一樣的變異

    表示這個是遺傳妳或妳先生

    既然妳們能長大成人、結婚生子

    已經算是很健康了

    常常就會被視為沒什麼影響的變異



    但如果小孩的爸媽都沒有這段變異的時候怎麼辦呢?

    恩…

    我也不知道

    先問妳到底跟誰懷的吧?



    如果真的是跟妳老公懷的

    那就是新突變而形成的

    會形成疾病的機會就會大增了。



    羊水晶片的問題千百種

    非常非常之複雜。

    講也講不完

    只能盡量讓各位了解目前的檢查方式



    另外

    我也很害怕



    害怕這篇寫完

    全版的媽媽們都要做羊水+羊晶



    這也是不對的。

    那我也就太對不起那些因此流產的健康寶寶了。



    參考資料:婦產科教科書、威廉氏後人的大腦、

    Am J Obstet Gynecol. 2016 Oct;215(4):B2-9. The use of chromosomal microarray for prenatal diagnosis. 



    以上

    一些淺見

    提供參考

    -

    ”如果妳拿我的染色體去跑晶片,應該也會發現一些奇奇怪怪的片段吧。所以我才是我啊,不是嗎?”

    -

    ~鍵盤婦產科 威廉氏後人~

    臉書蒐尋 : 鍵盤婦產科 - 威廉氏後人

    粉絲專頁 : https://www.facebook.com/mrwilliams999

    網誌連結 : https://mrwilliams999.blogspot.tw

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