為什麼這篇hbv-dna換算鄉民發文收入到精華區:因為在hbv-dna換算這個討論話題中,有許多相關的文章在討論,這篇最有參考價值!作者Ice9 (又到了屬於我的季節)看板Biotech標題Re: [求救] PCR問題 以及pla...
1. 拿 HBV 當模板,應該是指 virus genome 來當做來源。而且你在後面也
說到你們一般是以 copies/ul 來當作計量單位,這通常是已經使用其他
PCR 方式測出 titer 的樣本,像是 q-PCR等等。而 10^8 copies/ul 這種
標示,應該是準備拿來感染細胞或動物之類的基準量。但說實在的,一般
PCR template 並不會拿這麼多,一定會再稀釋。
2. 拿 plasmid DNA 當模板,是因為一般 PCR 放大是準備看特殊片斷,特
別是已經被研究過的對象。你之所以提到 plasmid DNA,是因為有其他學姊
和你說。我猜她是在幫你釐清你的問題,所以才會建議拿個 plasmid 來
測。一般建議拿 plasmid DNA,是因為我們在研究過程中經常會將有興趣的
DNA 片段塞到適合的 plasmid DNA 之中。而學姊的建議應該是拿一個含有
你要放大片段 (片段是來自於 HBV) 的 plasmid DNA 來當模版,而不是一
個含有整個 HBV genome 的載體。Plasmid DNA 的品質可以比較純,所以拿
來當 PCR 時的模板就可以減少誤差,也可以用來檢驗 PCR 條件。Plasmid
DNA 的製備,一般是使用 E.coli,經濟和技術方便性考量。
3. 你家 primer 不可能長到 400 nt. 以上,你應該是記錯了,它比較像是
你 PCR 產物的大小。特別是像 HBV 這個被研究了很久的病毒,很多偵測用
的 primers 可以從相關文獻得到,不用再特別設計,除非有其他特殊的實
驗需求。同時,PCR 條件可以參考那些文獻來進行。而你看到的應該就是
primer dimers 的訊號,要重新調整 PCR 條件,或是重新訂購/設計
primers。一般不會有什麼大問題。有問題的大概就是東西品質和技術。前
面也有網友提供其他意見,如果是機台問題,那是機台要修了。實驗室最好
是有學長姊可以問,要不然問老闆也行。沒有學長姊可以當場問的話,那會
很辛苦。
4. 單位的換算,你可以把 plasmid DNA 的一般計量從 microgram/
microliter 換算成 copies/ul,但其他領域一般不會這樣做。在你檢驗
PCR 條件的時候,似乎也沒必要這麼做。如果是其他 PCR 條件,那問題並
不在於你要不要換算單位。
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要看 PCR 條件,就拿個 plasmid DNA 來測試。你們實驗室有 HBV genome
DNA,那應該也多多少少也能取得相關的 plasmid DNA 來當測試模板。拿
viroids/virus particles 或以 copies/ul 為計量單位的樣本,感覺有點
浪費又有些危險。你的問題應該是在於相關的 PCR 條件,目前看來應該是
機器的關係,先從那裡看看吧。
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