為什麼這篇MEGA 演化樹鄉民發文收入到精華區：因為在MEGA 演化樹這個討論話題中，有許多相關的文章在討論，這篇最有參考價值！作者mengyichen (死小胖)看板Biotech標題Re: [問題] 有關phylogenet...
※ 引述《hikarujun (Hikaru)》之銘言：
: 你好呀 謝謝你的回答^^
: 所以同種顏色是同樣"物種分類"嗎
: 可是不知道同樣分類指的是再哪一個層次相同呢? (ex:界門綱目科屬種..)
沒有一定在那個層次
比如說，在你這次的計算結果中，藍色可能在門的層次
而綠色可能在目的層次……
我之前在推文裡說的「階層不平行」就是這個意思
這個功能似乎受限於GenBank 序列的內的分類階層順序，還蠻無言的
不過其實也蠻好用的，很直覺，只是不合學理罷了
: 似乎不是"同種" 因為我自己做query的結果
: 有不同物種 但顏色仍是相同 不過隸屬於同一目
: 另外想請問 你有提到相似程度可由branch length 來看
: 但在tree上的距離多近代表他們具有一定相似程度
就一般的演化樹來說，你可以看它的scale bar的單位是什麼
就像比例尺一樣，你可以回推你要看的節點間的branch length
然後大概知道這兩個序列間的差異多大
至於多相似才叫做有一定的相似程度
這就要看你的目的是什麼了
對我來說，演化樹提供了一個概觀
若想知道兩條序列間有多相似，我還是會回頭去看alignment
另外，你在做blast的時候，blast的結果不是會告訴你，
你的query和subject間有多相似嗎?
只要留心alignment的長度和位置，這也是一個相當有用的信息
: 或者是說 有沒有一個依據 讓我們知道在tree上怎麼樣的距離
: 代表序列上怎麼樣的相似程度呢
就是scale bar囉，注意其genetic distance的定義即可
你可以去下載一個很好用的免費軟體 MEGA 3.1
只要將要分析的序列先用clustal做好multiple alignment後
用MEGA開啟這個aln檔，再轉成mega自己的格式
就已經有很多演化樹的演算法可以玩了
: 謝謝你
不用客氣
: ※ 引述《mengyichen (死小胖)》之銘言：
: : 我點了Tree view網頁上方Sequence Label旁的問號來看(不用真的點，游標放在上面即可)
: : 有一句話這麼說
: : The color of the leaf node indicates the Blast Name of the sequence.
: : 於是我就在下方選單選了「Sequence ID (Blast Name)」
: : 我用的query sequence是2894208(GI number)
: : 是Mycobacterium tuberculosis這種細菌中預測的蛋白質
: : 我發現藍色的節點都一樣是細菌的蛋白質
: : 而綠色的節點則是病毒的蛋白質
: : 所以我猜應該是用來標示序列來源的「物種」分類
: : 不是，相似程度可由branch length 來看
: : 不用客氣，這個功能若不是因為你的問題，否則我也不會注意到
: : 其實每隔一陣子，NCBI都會將它的網頁功能推陳出新
: : 像這個功能我就覺得真的蠻好用的，如果不是要做嚴格的親緣分析的話
: : 可以省掉整理dataset的麻煩
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