與今敏長期合作的音效指導三間雅文，在隨片講評裡說，他在《千年女優》做了一個他音效工作生涯的新嘗試：當作品還在分鏡作畫狀態時，就已經先配上音效了。
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當然，從OVA規格的《藍色恐懼》的雙聲道，到MADHOUSE丸山正雄親自發新計畫委託的《千年女優》的5.1聲道，三間雅文能大展身手的範圍越來越廣，但是，只拿到分鏡圖以及按照各個鏡頭實際長度呈現的「分鏡帶」，就已經先配上音效的情況，對於三間雅文來說，這是第一次。
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不過，可以在計畫這麼執行的原因，其實很簡單：今敏的原畫分鏡的完成度很高，與最終的畫面成品相差不遠；以及《千年女優》的主軸──平澤進的音樂，在很早的情況下，就已經交給今敏，今敏也在作品前置期就將音樂，交給負責聲音配置的三間雅文發揮──而三間雅文的音效甚至反過來影響了今敏作畫及成品。
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這說明了一件事：《千年女優》的三項重要環節──配樂，畫面，音效，從最一開始，就是扣在一起的。
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從這個角度來看《千年女優》，就會發現今敏最著名的轉場技巧「匹配剪接」(match cut)，在音效上也有非常高明的設計──這甚至延伸到《千年女優》的女主角「藤原千代子」，三位不同年齡層的聲優：折笠富美子，小山茉美，莊司美代子，三位女演員表演時的細膩之處。
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「因為我不希望讓觀眾感覺到場景在轉變，為了不讓觀眾察覺，就得想辦法將場景連接起來。如果直接將動作切成兩個畫格，可以把觀眾的注意力吸引過去然後達到目的，但是我如果不用這個方法的話，我還可以用聲音來銜接，不是嗎？
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在講話的人，雖然台詞仍在進行，但當鏡頭一轉到正在聽話的角色時，觀眾注意力也會集中在那邊，這樣就能趁機變換場景，我也就能在不被察覺的情況下，完成這樣的動作，所以我實際運用了這樣的手法。這種手法對聲優是挺過意不去的啦，但我想應該也有樂在其中吧（笑）。」
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「若只是畫面加上聲音，我不認為這有什麼特別的，這種事情任何人都辦得到，所以也不能被畫面牽制住，不能只是在遷就畫面。當然，雖然是在襯托畫面，但我認為聲音的部份也必須要有聲音自己的劇情──我指的是音效、配樂，也是指聲優對於角色的詮釋方式。
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不是因為『畫面是這樣，我就只能這樣表現』，也要呈現個人對故事的詮釋，這也會讓作品變得更為豐富」，今敏在《千年女優》隨片講評如是說。
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其中一個最顯著的聲音應用：不斷阻止藤原千代子與她終其一生追逐的鑰匙先生相見的憲兵「疤臉男」，每一次出現，都會出現金屬摩擦、有如鑰匙掛在腰間走動時發出的聲響。
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雖然畫面沒有出現「疤臉男有攜帶鑰匙」的任何細節，但「他正在追逐鑰匙先生」的聲音設計變成角色特徵及暗示，也成為劇情上的調味（雖然觀眾可能不會注意到這個非常幽微的細節）。因為疤臉男與千代子一樣，這一生也在追逐「鑰匙先生」，只不過千代子是透過「電影」生涯，去追逐她純潔如蓮的愛情，但是疤臉男的「追逐」，則是伴隨聽來嚴肅的金屬鑰匙摩擦聲。
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當然，若說「鑰匙聲響」是串起千代子人生的兩位男人──前方不斷追逐的目標，以及在後頭追逐她只為告訴她真相──的象徵，那麼，藤原千代子的象徵，就是一個動作：「奔跑」。
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平澤進在主題旋律〈千代子のテーマ〉及片尾曲〈ロタティオン(LOTUS-2)〉，不斷以「綻放的睡蓮」來比喻千代子人生起點與終點的「循環」，而在她人生這段過程裡，不斷地奔跑，貫穿整部《千年女優》。
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更不用說在平澤進原聲帶第十首配樂，簡單明瞭，就是〈Run〉，而對應這段配樂的今敏畫面，則是讓千代子從戰國穿梭至明治大正到昭和的動態浮世繪。
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替十多歲千代子配音的折笠富美子回憶，她負責的千代子，應該是在她人生裡跑最多的階段，對自己人生還處在懵懵懂懂的階段，憑著一股氣一陣風往前衝，「很多都是在奔跑的劇情，感覺像是大家在後頭送風給我，我也藉由那樣的風勢在奔跑」。
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而今敏說自己在繪製千代子的奔跑畫面時，特別注意到折笠富美子在配奔跑畫面時的細節：也許，千代子是一個運動神經不算好的女人（折笠：嗯…我運動神經的確不算好）。
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「所以，有時候她會跑得沒那麼流暢，但是，她確實是盡了全力在奔跑。雖然不擅長但還是拼命在做，這也是讓觀眾能夠融入劇情的原因之一吧。」
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而替千代子成年期配音的小山茉美，是「盛開時期的千代子」，而她身負的任務，則是串起年輕的折笠富美子，以及電影最初千代子給觀眾第一印象，老年時期的莊司美代子──要將兩種聲音印象揉合在一起，並且要加入自身特色，也是一項不簡單的聲音表演。
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小山茉美認為：
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「折笠小姐所詮釋的千代子非常純真，不是嗎？一心一意追逐著鑰匙先生，用如羚羊般的雙腳奔跑著，專注地往前追，而我負責的千代子，卻是已經在社會上打滾，結過婚，經歷過許多挫折，逐漸了解到現實──在這種情況下，她又該如何繼續追逐自己的夢…該怎麼說呢，我覺得應該要表現出她的柔弱之處，所以是個沉重的階段。就像是，儘管身後拖了許多負擔，還是堅持跑完全程的千代子。」
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跑，跑，跑，千代子不斷奔跑，但她為何而跑？而她每次奔跑的心境，也隨著人生不同階段而改變，在八十二分鐘的電影長度裡，觀眾聽到每一位千代子的轉變，與三間雅文設計的音效──包括他在電影中段用怪手拆除片廠時的金屬撞擊聲，來隱喻千代子的生命即將到了終點──透過「聲音」，不斷加深《千年女優》在各種層面上的深度。
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當然，這一切都導向莊司美代子所負責的老年千代子，道出電影最後一句台詞──總結了千代子的「奔跑」人生，以及「千年女優」的真正意義，也許，只有在瞬間的離別，我們才能感受到，這部集結眾人努力與細節的動畫那婉約的溫柔，以及，壯麗的愛情。