大家好，小弟我在這裡想要跟大家分享一下自己最近出版的一本書
關於生物資訊入門、高通量定序、計算流程建立、GPU還有雲端運算。

有鑑於自己研究的經驗，還有感受到學弟妹初入門生資的痛苦。
可能是因為生物背景，或者資訊領域經驗有限，所以對Server的操作不熟悉。
尤其是Linux方面的使用，會非常痛苦。
所以我從Linux的使用開始講起，講解只要會的Linux指令就好。

另外高通量定序是這幾年的發展重點，也是我研究時的項目。
這本書提到了基本的資料分析處理，從資料的基本型態講起。
進一步提到大致的操作流程，例如QC、Trim等內容。
GPU的使用也獨立為一個章節，介紹生資如何應用與安裝設定，也談到現階段瓶頸。

計算流程的部份在後面章節有提到，用Shell Script串起整個分析流程。
剖析一個成功運作的Script要怎麼做，包含變數設定等概念，並提及除錯技巧。
期望讀者可以建立一個可執行且高維護性的計算流程。

最後是雲端在生物資訊的應用，先從Amazon的AWS服務說明。
為什麼雲端有優勢？對生物計算的發展有什麼實質意義？
（最近有不少生資的Paper，都選在AWS上面發展工具）
然後切入到Galaxy這個開放式的生物資訊平台。
該怎麼建立與設定伺服器，自己調整參數與加入其他工具模組。
當然，怎麼使用與在上面建立與分享計算流程也有詳解。

基本上全書由淺而深，從文字介面到圖型化操作，都有圖解Step by step。
加上基本的理論、概念說明，附上參考的選讀Paper。

這本書有經過陽明大學生資所的李國彬老師校閱。
在校閱的過程中，李老師很詳細的讀過與「除錯」。
挑出語意不清或者容易引起生物人誤會的地方。
他本身的程式設計專業（他有開課），也叮嚀我很多技術細節。
初稿也有請台大的生物相關科系研究生看過，沒有太多的障礙、可以接受。
相信可以滿足生物資訊學習者的基本需要。

所以誠心的跟大家推薦我自己寫的書
生物人的電腦教室：高通量定序分析一次搞定
目前先採數位發行的方式，以Zinio發行，支援跨平台閱讀。

FB專屬頁面 https://www.facebook.com/BioinformaticsForStarters
會持續分享生物資訊相關訊息與工具、技術。希望一起交流分享。
我也會放上一些章節讓大家試讀。

Zinio購書頁面 http://macp.ro/binfo

謝謝

=====本書的目錄=====
推薦序
自序

導讀

Chapter1 準備工作
1.1 從採購新電腦談起
1.2 運算伺服器的設定
1.3 建立遠端連線

Chapter2 基本Linux指令介紹
2.1 沒有要你當Linux專家
2.2 資料夾的操作
2.3 檔案的操作
2.4 權限的指派分配
2.5 了解系統狀態的相關指令
2.6 其他實用指令介紹

Chapter3 序列品質檢查
3.1 淺談高通量定序
3.2 高通量定序的先天問題
3.3 關於品質分數的標準
3.4 實戰品質校驗

Chapter4 序列比對
4.1 序列比對的意義
4.2 選擇序列比對工具
4.3 序列比對的實際操作
4.4 序列比對結果轉檔
4.5 使用基因體瀏覽器

Chapter5 繪圖卡輔助運算
5.1 繪圖卡的計算優勢
5.2 繪圖卡運算的業界標準與使用
5.3 生物資訊的實際應用
5.4 成效有限的理由

Chapter6 研究流程建立
6.1 實現計算全自動
6.2 編寫腳本語言
6.3 測試與除錯
6.4 實作案例分享
6.5 常見失敗案例分析

Chapter7 雲端圖型化
7.1 淺談雲端架構
7.2 Amazon雲端平台
7.3 開放式生物計算雲端平台
7.4 安裝與設定自己的Galaxy伺服器

附錄
附錄1 研究生入門：準備期刊文獻報告
附錄2 生物資訊研究相關文獻檢索
附錄3 簡單的資料處理實務

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