[爆卦]時間序列分析步驟是什麼?優點缺點精華區懶人包

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時間序列分析步驟 在 有用翔宇 Instagram 的最讚貼文

2021-08-20 04:19:20

紀念一下授袍 沒穿初音真的跟大家道歉 但是礙於當天要跑來跑去最後決定穿自己の衣服就好 (宜慧還問我怎麼沒有奇裝異服) - 大學四年也過得太快 雖然幾乎只有大三在唸國考 其他時間都在不知道幹嘛 (其實也幹了很多事) 但反正授到袍了 好像就要有藥師的樣子了 - 對 但是早上衛教還是亂講一通:$ - 順便...

  • 時間序列分析步驟 在 婷婷看世界 Facebook 的最讚貼文

    2021-06-09 13:22:08
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    【重磅!世衛組織 #新冠全球溯源研究 中國部分公布:“有證據表明,在向中國提供冷鏈產品的其他國家存在早期病例群”】

    健康中國微信公眾號6月8日發布世衛組織召集的SARS-CoV-2全球溯源研究:中國部分——世衛組織-中國聯合研究報告。

    2020年7月,世衛組織和中國著手開展病毒溯源研究的基礎工作。世衛組織秘書處和中國政府共同成立了一個國際多學科團隊,設計、支持和開展一系列研究,以協助追蹤SARS-CoV-2的來源及其傳播給人類的途徑。聯合國際團隊的工作將為其他地區的溯源工作奠定基礎。因此,全球溯源工作將不受任何地點的限制,隨著證據不斷積累和科學假說的不斷發展,全球溯源工作可能會在地域上發生變化。研究總體結果和發現將有利於加強全球對SARS-CoV-2及有類似來源的新發人畜共患病的防範和應對。

    聯合國際研究團隊由17名中方專家和17名來自於其他國家、世界衛生組織、全球疫情預警和反應網絡(GOARN)以及世界動物衛生組織(OIE)的國際專家組成。聯合國糧食及農業組織(FAO)作為觀察員參與本次溯源工作。在舉辦幾次線上視頻會議後,聯合研究於2021年1月14日至2月10日在中國武漢進行,為期28天。

    研究團隊通過三個工作小組對中國專家第一階段在以下三個領域的工作進展進行了回顧:流行病學,動物與環境,分子流行病學和生物信息學。

    聯合研究的結果:

    丨流行病學

    通過發病監測數據的早期溯源工作

    流感樣疾病(ILI)和嚴重急性呼吸道疾病(SARI)監測並結合適當的實驗室確認,是衡量流感和其他呼吸道病毒對人群影響的標準措施。為了確定COVID-19致病原在COVID-19暴發前幾個月對以上兩種疾病發病率可能產生的影響,我們對武漢某醫院ILI的成人哨點監測數據和湖北省某省級醫院SARI監測數據進行了回顧。

    根據武漢以及湖北和周邊六省的國家ILI哨點監測數據和相關實驗室確認的流感活動情況,2019年底,武漢以及湖北其他城市和周邊六省的兒童和成人ILI均明顯增加。雖然這可能是由於實驗室確認的流感活動同時增加所致,但聯合小組建議利用時間序列分析進一步探索2019年與往年相比較的每周ILI趨勢。

    對零售藥店購買的退熱藥、感冒藥和咳嗽藥的分析並不能提示早期在社區內有SARS-CoV-2活動。聯合小組建議對2016年、2017年、2018年和2019年9月至12月期間的每周藥房采購進行回顧,以尋找2019年9月至12月期間有無與往年同期相比采購增加的信號。如果識別出任何信號,則建議繼續對時空簇進行分析。

    通過保存的實驗室樣本和其他資源的早期溯源工作

    在對武漢市、湖北省其他地區及其他省份各醫院保存的2019年下半年的4500余份的研究項目樣本進行回顧性檢測時,未發現SARS-CoV-2。

    此項工作可以擴大到中國以及世界其他地區的其他血液中心,時間集中在當地發現首例病例前6個月內,最好使用系統設計好的隨機選擇樣本及相同的實驗室檢測方法。可用2020年最初幾個月之前未發現COVID-19病例的中國其他地區的同期獻血人群的樣本作為對照組。

    通過死亡率研究的早期溯源工作

    2019年7-12月期間,武漢市和湖北省除武漢外的全死因和肺炎死亡監測數據未見死亡趨勢出現意外波動的證據,不能提示2019年12月前發生了SARS-CoV-2在人群中的傳播。盡管如此,並不能排除SARS-CoV-2在人群中低水平地傳播,因為人口水平的死亡率變化不太可能足夠敏感地檢測到這一點。

    鑒於從感染開始到COVID-19相關死亡的時間差,2020年第3周全因死亡率和第3周肺炎特異性死亡的快速增加表明,2020年第一周病毒已在武漢人群中傳播廣泛。在武漢以外的湖北省人群中,死亡率的急劇上升發生在1-2周之後,這表明武漢的流行早於湖北省其他地區和其他省份。

    聯合小組建議擴大死亡率回顧的範圍,將系統發育分析發現早期流行集群的其他省份包括在內,並與中國其他省市進行比較。

    對2019年10月及11月武漢潛在病例進行臨床回顧

    武漢市共有233家醫療機構搜索到了2019年10月1日至12月10日因四種疾病(發熱、急性呼吸道疾病、流感樣疾病和“不明原因肺炎)之一到醫療機構就診的患者,共計76,253份病歷。2019年12月初,60歲以上年齡組的ARI(以及ILI和發熱)較前上升。經各醫療機構的臨床小組回顧後,在76,253人中有92人被認為在臨床上符合SARS-CoV-2感染引起的疾病。在2021年1月對92例中的67例病例(不包括死亡病例、拒絕或無法獲得的病例)采集了血液,並采用膠體金方法進行了SARS COV-2抗體檢測,結果均為陰性。隨後經外部多學科臨床專家復查,判定92例均不符合SARS-CoV-2感染。

    基於2019年12月疫情暴發前兩個月內武漢市潛在病例無SARS-CoV-2感染的證據,國際聯合專家團隊認為在這個階段內並不能排除部分傳播的可能性。另外,在疫情發生12個月後,調查2019年底幾個月發生傳播可能性的血清學檢測方法亦存在局限性。

    聯合小組建議進一步審核用於確定和描述回顧性臨床研究中病例特征的方法,包括92例最初確定可能與COVID-19診斷相符的病例,以及其他可能病情較輕的病例,以尋找在之前未被確認病例的可能診斷為COVID-19的特征(如聚集性發病)。鑒於2019年12月初老年人ARI增加,應進一步聯合回顧ARI數據。

    應對臨床回顧中獲得的67個標本進行進一步檢測,並與2019年12月以來確診的174例病例樣本和任何其他相關樣本復檢後進行比較。這應該與通過血庫收集的歷史樣本進行血清學檢測的新方法聯系起來。

    對經國家法定傳染病報告系統上報的病例進行回顧分析

    2019年12月初,武漢出現由SARS-CoV-2感染引起的爆發性疫情。共發現174例在2019年12月起病的COVID-19病例(100例實驗室確診病例,74例臨床確診病例)。只有去醫療系統就診的更嚴重的病例被確認。其他較輕(和無癥狀)病例與已確認病例同時存在,但目前沒有關於這些較輕病例的信息,這可能是早期疫情的流行病學的補充。

    許多早期病例與華南海鮮市場有關,但也有相似數量的病例與其他市場有關,有些病例與任何市場均無關。12月在更廣泛社區內的傳播可以解釋與華南海鮮市場無關的病例,另外存在與該市場無關的早期病例,這可以表明華南海鮮市場不是疫情的發源地。然而,其他尚未確認的較輕的病例可能提供華南海鮮市場與早期病例之間的聯系,而這些早期病例之前認為與市場沒有明顯的聯系。因此,關於華南海鮮市場在疫情起源中的作用或者感染是如何傳入市場的,目前尚無法得出確切結論。

    鑒於2021年1月和2月訪問武漢期間的時間有限,應對174例確診病例進行進一步聯合回顧,包括分析病例的臨床和人口特征以及危險因素。是否重新對這些患者進行當面詢問取決於聯合回顧的結果。聯合小組還建議回顧2019年12月報告為COVID-19潛在病例的其他患者的信息,以了解這些病例是否屬於先前未被確認的COVID-19病例,以及是否對SARS–CoV-2在首次確認疫情期間在當地人群的感染情況提供任何額外的信息

    丨分子流行病學

    因為大多數新型病毒都來源於動物,所以要了解導致病毒溢出和全球傳播的過程就需要深入了解動物貯主所攜帶病毒的多樣性和演變,動物、環境和人類之間的相互作用,以及形成有效人傳人的因素。能導致全球大流行的病毒必定高度適應了人類環境。這種適應可能是突然獲得的,也可能是經過多個步驟逐漸獲得的,而且每個步驟都是自然選擇所推動的。因此,SARS-CoV-2的溯源工作應將重點放在兩個階段。第一階段涉及病毒在發生人畜共患轉移前在動物宿主(如蝙蝠、穿山甲或其他野生或家畜)中的循環。在這一進化過程中,各種動物物種都可能成為貯主。SARS-CoV-2的祖先株可能在其循環過程中獲得了感染人類的能力。與SARS-CoV-2病毒高度同源序列病毒的發現表明SARS-CoV-2可能源於人畜共患的傳播,但其貯主仍有待查明。第二階段涉及發生人畜共患轉移後SARS-CoV-2在人群傳播過程中的演變。這種動物到人的溢出的可能性隨著動物和人接觸的頻率以及強度增加而增加。溢出可能會反復發生,但如果貯主中的病毒基因組需要進一步適應以實現有效的持續傳播,那這種早期的溢出可能不會被發現。一旦具有大流行潛力的病毒發生演化或溢出,那麽它們就會獲得擴散的能力,導致大量具有適應性突變的病毒株在不同地域的人群中出現,從而引發COVID-19大流行。

    丨動物的基因組數據

    迄今為止的調查和針對性研究的證據表明,在蝙蝠和穿山甲中發現了與SARS-CoV-2關系最密切的冠狀病毒。樣本病毒與SARS-CoV-2的基因序列具有高度相似性,提示上述哺乳動物可能是導致COVID-19的病毒的貯主。然而,到目前為止,從99個物種中發現的病毒與SARS-CoV-2的相似度都不足以使其成為SARS-CoV-2的直接祖先。除了這些發現,水貂和貓對SARS-CoV-2的高度易感性表明,可能還有其他動物物種(鼬科或貓科動物,以及其他物種)是潛在的貯主。將序列數據庫中的數據與潛在貯主物種調查中的數據進行比較後發現,這些可能的貯主物種的標本采集嚴重不足。

    對病毒基因組和大流行早期流行病學數據的分析

    聯合團隊回顧了通過中國國家生物信息中心在其包含所有可用冠狀病毒序列和元數據的綜合數據庫中收集的數據。選擇了2019年12月和2020年1月收集的樣本的所有序列數據進行深入分析,回顧了病毒在大流行第一階段的多樣性。對於在中國武漢發現的病例,將其數據與流行病學背景相聯系後選擇12月31日前發病的病例。最終分析結果顯示,在暴露於華南海鮮市場的病例中,有幾例病例的病毒基因組是相同的,說明這些病例可能是某個聚集病例群的一部分。但序列數據也顯示,武漢市大流行初期就已經存在一定的病毒多樣性,說明在華南海鮮市場群之外還有未采樣的傳播鏈。從生肉暴露或毛皮動物暴露的流行病學參數來看,沒有明顯的病例聚集現象。

    根據早期序列數據估計到最近共同祖先的時間

    此外,通過分析來估計終末數據集中SARS-CoV-2序列到最近的共同祖先的時間(tMRCA),並與之前的研究結果進行比較。這樣的tMRCA分析可以被認為是估計的,並不能提供起源時間的確切證明。分子序列數據分析表明大流行的開始時間可能在12月中旬之前的某個月。估計的時間點從9月下旬到12月上旬不等,但大多數估計點在11月中旬到12月上旬之間。

    丨SAES-CoV-2的文獻綜述:早期發現

    最後,對已發表的文獻中表明SARS-CoV-2早期循環的數據進行了回顧。這些來自不同國家的研究表明,SARS-CoV-2的循環比最初發現病例的時間早了幾周。部分疑似陽性樣本的檢測時間甚至早於武漢首例病例,提示其他地區可能存在漏診的情況。但到目前為止,研究的質量還很有限。盡管如此,調查這些潛在的早期事件還是很重要的。

    動物及環境研究人們在不同動物中發現了在系統進化上與SARS-CoV-2相關的冠狀病毒,包括菊頭蝠和穿山甲。然而,在湖北省采取的蝙蝠樣本並未發現SARS-CoV-2病毒存在的證據,中國各地野生動物的采樣至今也未發現SARS-CoV-2的存在。我國31個省共采集野生動物、畜禽標本8萬余份,在SARS-CoV-2爆發前後均未發現SARS-CoV-2抗體和核酸陽性結果。通過對華南海鮮市場動物產品的廣泛檢測,未發現動物感染的證據。

    在華南海鮮市場關閉後的環境取樣顯示923例環境樣品中有73例樣本呈陽性,表明其表面普遍有SARS-CoV-2汙染,符合通過感染者、感染動物、被汙染的產品引入病毒的情況。

    華南海鮮市場的供應鏈包括來自於20個國家的冷鏈產品和動物制品,這其中有些國家在2019年年底前報告有SARS-CoV-2陽性樣本,或發現有與SARS-CoV-2關系密切的病毒。有證據表明,市場內銷售的一些養殖野生動物物種制品對SARS-CoV-2易感,然而在本研究中,市場上采集的動物樣本均未檢出陽性結果。冷鏈產品未進行檢測。然而,這些研究結果確實提出了可能存在不同引入途徑的可能性,強調了有必要對這些供應鏈進行仔細的追溯和對樣本進行檢測。

    SARS-CoV-2可在冷凍食品、包裝和冷鏈產品的條件下存活。中國最近暴發的疫情中的指示病例與冷鏈有關。研究表明,病毒在低溫下可以長期存活,因而可以在冷凍產品上被長距離攜帶。目前正在進一步研究病毒在不同溫度下的存活能力。

    華南海鮮市場有大量攤位出售冷鏈產品。流行病學研究表明,有冷鏈貨物的攤位出現病例的相對風險高於無冷鏈貨物的攤位。需要進一步分析來確定時空對應關系和糾正抽樣中存在的潛在偏倚。其他應開展的研究包括追溯從2019年底前有SARS-CoV-2陽性樣本報告的地區進口的冷鏈貨物,以及通過訪談供應商追溯冷凍野生動物制品動從供貨養殖場到華南海鮮市場的過程。

    在向中國供應冷鏈產品的其他國家,已經發現包裝和產品上有SARS-CoV-2的證據。有證據表明,在向中國提供冷鏈產品的其他國家存在早期病例群。另一個問題是調查2019年底前有SARS-CoV-2陽性樣本報告地區或是動物中發現SARS相關冠狀病毒的國家(如東南亞國家)的冷鏈或冷藏供應鏈。與此同時,一定要區分冷鏈在國外輸入病毒和市場本身發生疫情中的作用,後者可能是感染者汙染了產品。

  • 時間序列分析步驟 在 報導者 The Reporter Facebook 的最佳解答

    2021-04-30 17:05:59
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    #今日疫情重點【陳時中證實防疫旅館群聚:新增3名諾富特員工確診;推測感染源可能是外籍航空機師,下週將進行全台防疫旅館總體檢;專家:防疫旅館感控應比照醫院防疫強度】

    華航貨機機師感染COVID-19(又稱新冠肺炎、武漢肺炎)事件持續延燒。今日新增3名負責華航機師檢疫的桃園諾富特飯店員工確診,已可確定諾富特防疫旅館是群聚感染事件。中央流行疫情指揮中心指揮官、衛福部部長陳時中今早在電台節目中表示,初步認為外籍航空機師將病毒攜入旅館內,造成傳染,但目前未能確定。

    自4月20日起,華航貨機機師陸續確診,現已有10名機師確診,疫情再蔓延到機師家人,高風險地點包含學校甚至社區。但各機師都分屬不同機隊,中央流行疫情指揮中心疫調無法找出明確關聯性,導致感染源遲遲未明。直到昨(29日)諾富特飯店傳出一名房務主管(案1120)確診,他自4月17日就發病,卻未即時隔離採檢,在飯店工作近2週的時間都具有傳染力,而這段期間,有6名確診機師在飯店檢疫,目前不排除部分機師在飯店染疫,要等到飯店確診員工的病毒基因序列出爐再加以研判。

    現況看來,防疫旅館是讓疫情擴大的重要關鍵。這也是台灣防疫一年多來第一次出現防疫旅館員工染疫。參與過2003年SARS之役、台大急診部主治醫師、品質管理中心主任陳世英認為,防疫旅館承載自高風險國家返台的民眾,他們可能是帶有病毒的無症狀感染者,因此防疫旅館的感控極其重要,嚴謹程度不應亞於醫院。

    另外,4月28日確診,曾前往百人舞廳的70多歲男性本土案例(案1112),指揮中心一共匡列180人,共117人陰性,其餘採檢中;而驗出血清抗體陽性的機師小孩,校園接觸者已採檢51人,28人陰性,其餘檢驗中;昨日諾富特飯店確診主管前往的診所,醫護4人居家隔離中,同時診所內有16名病人,都有適當防護,因此列為自主健康管理。

    ■ 新增3名諾富特員工確診:2名房務部、1名餐飲部;確認基因序列,了解傳播途徑

    昨天諾富特飯店爆發一名房務主管染疫後,指揮中心立即連夜將旅館207名員工全數採檢,而昨日就有3名員工發燒。今日採檢結果出爐:207人中,包含昨日主管,共4名員工確診,其餘203人陰性,這兩天會再採檢血清抗體。

    其中一名是台灣20多歲女性(案1127),她是飯店的餐飲部員工,近期沒有出國史,昨日入住集中檢疫所之後,下午就出現喉嚨癢,採檢確診,CT值26,初步匡列接觸者10人,列為居家隔離對象。陳時中補充,她的工作主要是在飯店內場,不會四處移動。

    另一名是台灣20多歲男性(案1128),他是飯店的房務部員工,近期沒有出國史,昨天量測體溫時發現發燒,送醫採檢確診,CT值16,匡列接觸者4人列為居家隔離。

    最後是一名台灣60多歲女性(案1129),也是飯店的房務部員工,近期沒有出國史,26日起出現輕微咳嗽、喉嚨痛,自行購買成藥服用,昨日採檢確診,CT值20,匡列接觸者4人列為居家隔離。她與1128和昨日的主管都屬房務部,平時可能會在飯店有遇到彼此的機會。今日新感染的3名員工,CT值都不高,數字愈小,代表病毒量愈大,也代表發病不久。

    陳時中表示,接下來會透過這些確診員工的病毒基因序列分析,來了解傳播的路徑,但已可證實是一起防疫旅館群聚案件。

    指揮中心醫療應變組副組長羅一鈞補充,目前針對10名確診機師的基因定序已完成7人,全數都是英國變種病毒株,「但目前最重要的是確認諾富特員工的序列,才可以了解與機師感染案的關聯性。」

    ■陳時中:推測是旅館中外籍航空機師染疫造成擴散,下週將進行全台防疫旅館總體檢

    陳時中今天上午在電台專訪時表示,他推測感染源頭可能是外籍航空的機師在國外染疫,再將病毒帶回台灣,因此感染源有可能不是華航機師。

    根據交通部民用航空局網站指出,外籍航空公司的機組員是採「過境不入境」的方式進出機場,直接入住防疫旅館,待接獲任務再直接離境,這代表外籍航空機師入境到離境,都不需要任何檢疫證明。

    指揮中心發言人、疾病管制署副署長莊人祥也在記者會後接受《報導者》採訪時證實,他表示,因為外籍航空機師任務結束後,會直接由專車從機場送到防疫旅館檢疫,並不會入境台灣社區,因此沒有要求採檢或提供病毒核酸PCR陰性報告。而諾富特飯店裡有不少外籍航空的機師在內檢疫。

    陳時中則表示,目前已將接下來入境的機師分流到兩個不同的防疫旅館進行檢疫,而等事件落幕後,諾富特旅館也不會再收外籍機師。

    不管是不是外籍機師帶進病毒,防疫旅館的感控不足,是這次感染案件擴大的破口之一,陳時中表示下週開始,會針對全台的防疫旅館進行總體檢,確認各防疫旅館的措施,並進行相關輔導改善計畫。他表示,會了解員工的教育訓練、防護裝備穿脫、進行旅館動線及感控實施狀況、環境清潔消毒步驟等等,並請護理人員逐一檢視、提出意見。

    至於飯店環境是否有被病毒感染,昨日莊人祥表示,針對飯店公共區域已採檢了39處,結果都是陰性。昨日後來又採樣了103個地方,幾乎都是在房間內部,包含有住過確診機師的房間,採檢完之後再消毒,新的採樣結果尚未出爐。

    ■公布諾富特飯店確診者足跡,請民眾提高警覺

    今日陳時中公布這兩天確診的諾富特飯店員工足跡,希望同時間有在附近的民眾可以提高警覺,在5月12日前若有出現疑似症狀,儘早就醫採檢。

    【案1120(昨日確診的房務主管)】
    機場捷運三重站(A2)→機場旅館站(A14a)、機場旅館站(A14a)→機場捷運三重站(A2)
    4月15日 11:55-13:05、23:20-00:20
    4月17日 06:30-07:35、18:05-19:10
    4月18日 12:05-13:10、23:10-00:05
    4月20日 08:15-09:20、18:40-19:40
    4月22日 12:10-13:20、16:45-17:55
    4月24日 08:35-09:45、18:20-19:25
    4月25日 13:30-14:55、19:00-20:10

    【案1127(飯店餐飲部員工)】
    4月27日
    16:30 等等法式甜點(桃園市中壢區環北路195號)
    4月28日
    15:00後 美衣潔自助洗衣店(桃園市中壢區日新路1號)
    日式料理餐廳(桃園市中壢區實踐路102號)

    【案1128(飯店房務部員工)】
    4月28日
    10:00 搭703公車到中壢火車站
    10:40-12:40 海越按摩店(桃園市中壢區東興里新興路42之1號)
    13:00 四海遊龍(桃園市中壢區中山路106號)
    13:30搭703公車回宿舍

    桃園市長鄭文燦今天在Facebook上表示,桃園捷運公司已經完成機場捷運A14a站、A12機場第一航廈站、A13機場第二航廈站等10個車站全面消毒,並陸續完成全線21個車站消毒作業。

    ■專家分析:防疫旅館的感控應比照醫院,建議擴大篩檢、民眾提高警覺才能阻斷疫情

    曾參與2003年SARS之役,台大急診部主治醫師、品質管理中心主任陳世英認為,現在國外疫情仍然十分嚴峻,防疫旅館負責接收這些自高風險國家返台,而身上很可能帶有病毒的無症狀感染者,感控作為要十分嚴謹。

    「防疫旅館雖然不像醫院收治病人,但這些旅客身上帶有病毒的機會是非常高的。因此旅館內部的感控應比照醫院的感控強度,包含內部要有明確的分區、清楚的動線、清潔人員的訓練,但台灣對於防疫旅館沒有嚴格的檢視監測,便可能像這次發生高風險者入境,引發旅館內部群聚感染問題。」

    陳世英認為,要讓機師感染事件落幕,除了追蹤感染源、釐清傳播路徑之外,更重要的應是即刻阻斷傳染鏈。而防疫是全民之事,從指揮中心到民眾,都有責任落實。

    例如,指揮中心可以擴大採檢範圍,當一名機師確診,密切接觸者如家人都會被匡列隔離14天,這些人就沒有再將病毒散布出去的風險。而這些家人的接觸者,指揮中心就可以選擇先擴大採檢,更早一步阻斷可能的傳播風險。

    他表示,防疫百密總可能會有一疏,就算病毒不小心在社區中橫行,只要民眾有做好防護,病毒傳不出去,就不會造成群聚感染。「但最讓人擔憂的是,現在病毒落入社區,造成群聚的風險比以前高,不僅是這一波防疫旅館的疫情,最大風險是社區防護變弱,民眾開始鬆懈,不再戴口罩、未維持社交距離。」

    他更呼籲,在大眾接種疫苗之前,洗手就是化學性的群體免疫、戴口罩則是物理性的保護,民眾不能只靠指揮中心匡列接觸者、採檢,而是要從自身做起,才能真正避免大規模感染發生。

    ■新增4例境外移入,自哈薩克、埃及、菲律賓、印度入境

    今天也新增4例境外移入,一名台灣50多歲男性(案1123),今年2月前往哈薩克工作,3月30日返台,持有登機前3天病毒核酸PCR陰性報告,4月14日檢疫期滿返家,因預計再次出國洽公,4月28日至醫院自費採檢,今日確診,CT值33,住院後二採陰性,抗體已呈陽性,此案在台期間沒有症狀,掌握接觸者12人、3人居家隔離、9人自主健康管理。

    一名是20多歲菲律賓籍男性船員(案1124),今年3月從埃及登船工作。該船在航行途中經過台灣,並在4月9日於台灣外海進行物資補給,當天此案有出現意識不清、呼吸急促症狀,4月10日入境後就醫治療;但他在住院期間曾採檢3次檢驗結果都是陰性,27日出院後至防疫旅館檢疫,隔天因為出境需要,由船務公司安排進行自費採檢結果確診,CT值30,二採陰性、血清抗體仍為陰性。目前掌握接觸者4人,列為自主健康管理。

    一名是30多歲菲律賓籍男性移工(案1125),4月16日來台工作,持有登機前3天病毒核酸PCR陰性報告,入境後到集中檢疫所進行檢疫,29日檢疫期滿前採檢確診。他在檢疫期間無症狀,未與他人接觸,沒有匡列接觸者。

    最後是一名30多歲印度籍男性(案1126),今年2月21日來台工作,持有登機前3天病毒核酸PCR陰性報告,2月27日檢疫期滿後返回住處。他在台期間無症狀,因為預計返回印度,4月27日至醫院自費採檢確診,CT值36、住院二採CT值34、血清抗體陽性。目前掌握職場接觸者20人,其中12人為同辦公室同事,列居家隔離;其餘8人採自主健康管理。

    (文/陳潔;攝影 /中央社/郭日曉、葉臻)

    #COVID19 #報導者 #防疫旅館 #感染

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    2020-05-06 08:28:56
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    【檢測、治療、疫苗】
    長期專注流感病毒疫苗研究的「中研院基因體研究中心」研究員馬徹表示,SARS出現之前,就有4種冠狀病毒經常感染人類,但都是些小感冒,流個鼻水、打打噴嚏或是咳嗽、喉嚨痛、發燒,根本不用吃藥,熬個幾天自然就好了,不會有生命危險。很多動物身上也都有冠狀病毒,牛、豬、貓和鳥類也常被感染生病,豬、雞雖然已有疫苗,但效果不好,而寵物貓尚未有疫苗,容易死亡。


    ■新型冠狀病毒的凶狠,跌破科學家的眼鏡
    冠狀病毒從2003年SARS(嚴重急性呼吸道症候群)、2012年MERS(中東呼吸症候群)到2019年COVID-19,每次突變再經過跨物種傳播,總是引發致命危機。新冠肺炎在地球村全境擴散,上百個國家傳出疫情,延燒速度超越SARS和MERS,國內外科學家預測,冠狀病毒還會持續演變侵襲人類,成為人類與病毒週而復始的戰役,而且會越來越慘烈。


    「它已經跟我們共存很久,沒想到變得這麼凶!」SARS、MERS和COVID-19都跟蝙蝠的冠狀病毒有關,馬徹直言:「我覺得自己有必要重新學習,到底什麼叫做冠狀病毒?」1月11日,看到中國公開發表第1例新冠肺炎病毒基因組序列,馬徹隨即訂購依病毒表面刺突蛋白(spike protein)基因序列合成之DNA。


    刺突蛋白是研發抗病毒疫苗最重要的抗原,冠狀病毒透過它接觸並感染宿主細胞。而B細胞是人類免疫系統負責分析並辨識不同病原體抗原特徵、再製造釋放特定抗體殲滅病毒的總指揮,馬徹強調,研究團隊拿到DNA,就可以生產刺突蛋白,用來從已康復病人身上眾多的白血球中,找到能釋放專一性辨認刺突蛋白抗體的B細胞。此B細胞可進一步生產單株抗體,作為重症病人的救急藥物。(資料來源:【註1】)


    ■病毒與先天免疫系統的攻防
    病毒與人類之間的互動關係從以往至今持續地演化。歷史上,世界各地曾發生多次瘟疫,造成大規模的死亡。在台灣,近年來由腸病毒七十一型、登革熱、SARS 等病毒感染所造成的疫情,都曾危及國人的健康。因此,如何對抗病毒感染在全球都成為刻不容緩的議題,而疫苗的發展成為拯救人類免受病毒感染的救星。


    過去的研究主要著重在人類的後天免疫系統如何對抗病毒,但近年來由於科學家對先天免疫系統的了解,開始探討病毒如何感染細胞,而人類的先天免疫系統在感染初期又是如何參與對抗病毒的感染。這些研究有助於未來抗病毒藥物以及更有效的疫苗設計。


    ■病毒的生活史
    病毒必須寄生在宿主細胞中,並利用宿主細胞內的成分幫助它複製本身的核酸才得以大量增殖。病毒一般可以經由外皮的傷口或消化、呼吸系統的內皮細胞入侵人體。不同的病毒主要感染的細胞有所不同,譬如流行性感冒(流感)病毒主要感染呼吸道的細胞,腸病毒則感染腸道的細胞。


    這些主要被感染的細胞表面有病毒的特異性受體,可以讓病毒進入特定的細胞內開始複製核酸物質,接著組裝完整的病毒顆粒,進而離開細胞繼續感染下一個細胞,甚至經由人類分泌物或排泄物感染其他人。


    ■近世紀最著名的傳染性疾病,便是1918 年由流感病毒所造成的大規模流感。這病毒感染呼吸道黏膜上皮細胞,它在宿主細胞內的生活史分為以下幾個步驟:


    一、病毒顆粒表面的血凝集素與宿主的唾液酸受體結合,進而啟動宿主細胞進行胞噬作用,使病毒與宿主細胞內的核內體融合。

    二、病毒的 RNA 從核內體釋出至細胞質,再進入細胞核,大量進行病毒的RNA 複製和轉錄。

    三、轉錄後的病毒 RNA會在細胞質轉譯出病毒蛋白。

    四、病毒的RNA 與蛋白在細胞質進行組裝。

    五、組裝好的病毒顆粒會以出芽方式離開細胞。
    病毒入侵及繁殖都會引起宿主的免疫反應,而出現流行性感冒的症狀。


    ■先天免疫如何對抗病毒
    先天免疫是對抗病毒的最前線防護,反應的時間在幾分鐘到幾小時之內,包含物理性、化學性及細胞性屏障,其中最重要的是細胞性屏障。


    參與先天免疫的有巨噬細胞、樹突細胞等免疫細胞,和內皮細胞或上皮細胞等非免疫細胞,當受到病毒感染時,這些細胞可以利用模式辨認受體偵測入侵的病毒,例如類鐸受體 7 主要辨識病毒的單股RNA,RIG-I 則辨識病毒 5’端帶有三個磷酸根的單股 RNA 或短片段的雙股 RNA。


    當模式辨認受體辨識病毒成分後,對抗病毒最重要的第一型干擾素會被表現,同時會表現發炎相關的細胞激素,產生發炎反應,以吸引更多的免疫細胞來清除病原菌。


    第一型干擾素的表現會促使鄰近的細胞活化對抗病毒的基因,如具有分解病毒的 RNA 或抑制蛋白質合成的基因,最後阻斷病毒的複製。此外,藉由偵測到病毒而活化的成熟樹突細胞,可把抗原呈獻給 T淋巴細胞,以啟動專一性的後天免疫反應,反應時間約數天至一個禮拜。


    當未來再遇到相同致病原時,可以透過免疫細胞的記憶性,快速產生免疫反應對抗致病菌。以先天免疫反應對抗流感病毒為例,當流感病毒感染呼吸道黏膜上皮細胞或免疫細胞,在這些細胞內進行核酸複製時,上皮細胞的細胞質的 RIG-I 可以辨識流感病毒帶有 5’端三個磷酸根的 RNA,而由類漿細胞衍生的樹突細胞則透過 TLR7 辨識病毒單股 RNA。


    病毒一旦被模式辨認受體所辨識,則會經由訊號傳導的方式活化基因,促使這些細胞產生第一型干擾素,以及發炎相關的細胞激素來對抗流感病毒,同時促使樹突細胞成熟,並把病毒的抗原呈獻給 T 及B 細胞。接受到抗原的 T 及 B 細胞就被活化,活化的 B 細胞會產生抗體,T 毒殺細胞則能毒殺被感染的細胞,引導後天免疫系統對流感病毒進行有效的清除反應。(資料來源:【註2】)


    ■檢測、治療和疫苗
    科學家面對新興傳染病爆發,思維方向與策略卻是萬法歸宗。「不管爆發什麼傳染病,就是檢測、治療和疫苗!能不能測到誰被感染,有沒有藥物可以治療,用什麼方法設計疫苗?」


    馬徹指出,中研院院長廖俊智在農曆春節期間召集院內專家共同研商對抗COVID-19,「大家雖然各有專長,這個時候都不分彼此。我們拿到刺突蛋白的DNA,馬上合成製備,其他研究團隊若有需要,我統統都給。它可以研製疫苗,也可以挑選檢測試劑。」(資料來源:【註1】)


    ■後記
    響應中研院院長廖俊智提倡開放式科學,馬徹研究員實驗室無償分享人類細胞純化之 SARS-CoV-2 刺突蛋白,提供全台灣研究單位研發檢測、治療和預防 SARS-CoV-2(2019-nCoV 或武漢病毒: COVID-19的病原體),申請網址為 https://www.malabtw.org/sars-cov-2。


    【Reference】
    1.來源
    ➤➤資料
    ∎【註1】: (科技大觀園)「檢測、治療、疫苗——科學家抗疫總動員」: https://bit.ly/2ycaPKw
    ∎【註2】: (國家實驗研究院 @narlabs.org.tw)-科技政策與資訊中心-【科學發展(2013年-490期)】-病毒與先天免疫系統的攻防: https://bit.ly/2YehluW


    ➤➤照片
    ∎ (科技大觀園)「檢測、治療、疫苗——科學家抗疫總動員」: https://bit.ly/2ycaPKw
    ∎ (CASE 臺大科教中心)「冠狀病毒的認識及相關藥物、疫苗的研發」: https://bit.ly/3bO944U


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    http://forum.nhri.org.tw/forum/book/


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