在很久以前，創世神創造了這個世界，並且製造出作為自己助手的天使，讓他們處於遠遠高於人類的地位。
在《天使禁獵區》的故事發生前，神就與其居住的神塔一起消失了。
代表天使中最高權力的長老會議為了不引起恐慌，向外界公布神為了準備與地獄進行新的天地大戰而隱居起來了。

神所製造的有機天使亞蕾克西兒，與其孿生弟弟無機天使羅潔愛兒一樣擁有3翼翅膀，在天界中處於僅次於神本人和「聖隱者」亞當‧卡達蒙的至高地位。
由於認識到天界的種種不合理現象，亞蕾克西兒在上次天地大戰中背叛至高天站在地獄一方作戰，結果被處以重罰。
她的靈魂被貶入物質界不斷轉世，而肉體則被放在天使水晶中封存起來。

在《天使禁獵區》故事開頭，兩名來自地獄的邪鬼九雷和紫羅九音為了向天界報仇，闖入至高天盜走了亞蕾克西兒的身體。
他們來到人間時發現亞蕾克西兒的轉世是一個名叫無道剎那的少年，他因為與親生妹妹無道紗羅陷入亂倫的戀情而處於痛苦之中。
與此同時，從天界擅自來到的人間的天使肯達，將在上次天地大戰中被亞蕾克西兒封印的羅潔愛兒喚醒。
羅潔愛兒針對無道剎那展開了一系列的瘋狂行動，使一種名叫「天使禁獵區」的可以將人類變為傀儡的遊戲軟體在學校里流行，導致多名學生遭遇不幸事件。

在用多種方法打擊無道剎那沒有成功之後，羅潔愛兒從天界召來名叫姬理繪的實習天使直接攻擊剎那，但紗羅卻代替哥哥而死。
因為愛人死亡悲痛欲絕的無道剎那覺醒為有機天使，巨大的能量毀滅了整個城市。
在清醒過來後，無道剎那受到亞當·卡達蒙的指示要到星幽界奪回紗羅的靈魂，但發現靈魂已被天界帶走。
要想找回紗羅，無道剎那就必須對抗眾多強大的天使；另一方面，天界也因為宰相聖沃夫達爾達的嚴厲統治和普遍墮落而混亂不堪。天使禁獵區的故事，於是就此展開…