立法委員林佳龍今日在經濟委員會質詢時強調，針對902項管制性中國農產品進口自經區一事，經建會、農委會與財政部彼此間的說法都不盡相同，顯示出橫向聯繫不足，而且特別條例到底要開放到什麼程度恐怕都還莫衷一是。林佳龍說，相關的進口規定及租稅優惠措施，必須要在特別條例中清楚說明，並經由立法院審查，不能上路後再由行政單位片面裁量放行。

林佳龍指出，針對管制性中國農產品進入自經區加工，經建會主委管中閔先是說，只要是管制性產品都必須全數外銷，而農委會主委陳保基則說，如果貨號轉換成可進口的產品，那麼將採逐案審查的方式，在補稅後開放進口，但在今天財政部的報告中卻又說，「外國貨主（含大陸及港澳）委託第一類示範事業從事儲存、簡易加工，享外銷100％、內銷10％免徵營利事業所得稅待遇。」換言之，不僅可以進口，還有一成的貨品在進駐台灣國內市場時可以免除繳納營利事業所得稅。林佳龍說，這個部分若政府真的要開放，必須向立法院清楚說明並經過審查，不可以在特別條例上路後才透過行政裁量偷偷開放。

其次，林佳龍也要求財政部必須檢討自經區上路後的關務人力及預算是否足夠，林佳龍指出，目前台灣國內共有300多間保稅工廠，要實地稽核還能夠負擔，但未來，一旦全面開放，在前店後廠的概念下，台灣各地將出現大量的工廠進行自經區後續加工，屆時，倘若投入的人力及資源沒有相應增加，那麼勢必無法掌握原物料進入國內後的流向。

對此，財政部則表示，目前尚未有相關規劃，未來，將主要透過分級管理的方式落實稽核，因為要去實地稽查所有的廠商，應該做不到。